From 68955859a980c9dae92cce767e5cac77624dde1d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Adam English Date: Mon, 18 Dec 2023 20:35:57 -0500 Subject: [PATCH] beginning testing --- .../fm_03ffe346bf2196b0ceebee5beb9a6acb.msa | 4200 ++++++++++++++++ .../fm_0d3666ebd38cd600bb407b0bf169b260.msa | 195 - ...> fm_198bdf87b60e4ea96dbdacfeb79a01dc.msa} | 2 +- ...> fm_2f584d342cd0122481374518f9e81904.msa} | 50 +- .../fm_3af60a231e26aa93504606f040b84a53.msa | 145 - .../fm_5d8ac2ddabd0e0989de0cab49214998e.msa | 165 - ...> fm_6147414e8642b5c9ece9fffa3cd6290f.msa} | 16 +- .../fm_639c3175b81fc9a8306d7bf86fd76951.msa | 130 - .../fm_74ec35d892285c75e910123b5ee6b8e4.msa | 120 - ...> fm_751763f0a26e66cde66421e24b5f03e2.msa} | 16 +- .../fm_7ef060f5be4ce0075857e188d7852082.msa | 4375 ----------------- .../fm_84a1c1351a542ad59ab6ccc849bfbff0.msa | 60 - ...> fm_a6937b7b4931c9433881ec8a54af98fd.msa} | 2 +- .../fm_b1f9512148e344cd8be442d0b872be80.msa | 355 ++ .../fm_b778319de388d363fb74713d18656b39.msa | 365 -- ...> fm_b9d356b09aad1b84d7626c820eace838.msa} | 2 +- .../fm_db901ab7e3d0515b798b21b31e66d43e.msa | 150 - .../fm_e32c27444e9b0e7e8e1c5c44bd945896.msa | 65 - truvari/phab.py | 66 +- 19 files changed, 4655 insertions(+), 5824 deletions(-) create mode 100644 repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_03ffe346bf2196b0ceebee5beb9a6acb.msa delete mode 100644 repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_0d3666ebd38cd600bb407b0bf169b260.msa rename repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/{fm_a3b02bde8a503aab8bb0da7f33f98a9d.msa => fm_198bdf87b60e4ea96dbdacfeb79a01dc.msa} (99%) rename repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/{fm_b8a80f7b3dfaf0a255d5fa6ea4cdadc6.msa => fm_2f584d342cd0122481374518f9e81904.msa} (73%) delete mode 100644 repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_3af60a231e26aa93504606f040b84a53.msa delete mode 100644 repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_5d8ac2ddabd0e0989de0cab49214998e.msa rename repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/{fm_7fd9ee27216345e87277b3eb261479c6.msa => fm_6147414e8642b5c9ece9fffa3cd6290f.msa} (96%) delete mode 100644 repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_639c3175b81fc9a8306d7bf86fd76951.msa delete mode 100644 repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_74ec35d892285c75e910123b5ee6b8e4.msa rename repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/{fm_2ad6d5e80b30a1cebe34e993b5700918.msa => fm_751763f0a26e66cde66421e24b5f03e2.msa} (85%) delete mode 100644 repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_7ef060f5be4ce0075857e188d7852082.msa delete mode 100644 repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_84a1c1351a542ad59ab6ccc849bfbff0.msa rename repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/{fm_d342db009b70a5841aa5b850478f78c4.msa => fm_a6937b7b4931c9433881ec8a54af98fd.msa} (96%) create mode 100644 repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_b1f9512148e344cd8be442d0b872be80.msa delete mode 100644 repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_b778319de388d363fb74713d18656b39.msa rename repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/{fm_2009907a3d9c420147c4ae73f6df2941.msa => fm_b9d356b09aad1b84d7626c820eace838.msa} (99%) delete mode 100644 repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_db901ab7e3d0515b798b21b31e66d43e.msa delete mode 100644 repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_e32c27444e9b0e7e8e1c5c44bd945896.msa diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_03ffe346bf2196b0ceebee5beb9a6acb.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_03ffe346bf2196b0ceebee5beb9a6acb.msa new file mode 100644 index 00000000..c6e4fe54 --- /dev/null +++ b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_03ffe346bf2196b0ceebee5beb9a6acb.msa @@ -0,0 +1,4200 @@ +>HG002_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG002_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG005_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG005_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatgcatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00096_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00096_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00171_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00171_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00438_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatat-attataatatataattatataatatataa +ttata-tattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatattatatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatatataataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatatattatata-------ttatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata--tatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00438_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00512_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatat-attataatatataattatataatatataa +ttata-tattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatattatatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatatataataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata--tatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00512_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatatattattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00513_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00513_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00514_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00514_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00621_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00621_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00673_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00673_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatat-attataatatataattatataatatataa +ttata-tattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatattatatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatatataataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatatattatata-------ttatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata--tatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00731_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00731_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00732_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00732_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00733_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00733_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00735_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG00735_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatataatatataattgtatattatatattatata-atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattttatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatata +tatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatata +attatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG00741_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00741_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG00864_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattatata +taattatatataattatatataatataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattat--- +-------------------------------atatatattaatatataattgtatatata +attatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG00864_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01071_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttata-tattataataatataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01071_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01106_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01106_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttata-tattataataatataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01109_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatat-attataatatataattatataatatataa +ttata-tattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatattatatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatatataataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata--tattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01109_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatatatataatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatatattatata-taatatataattatattatat +atta-tatataatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatat-aatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatg--------------------tatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatat-attataatatataattat----------- +----------------atataattatatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatat- +---tatat-ata-----------------------------------------atatatt +atatatataatata-tatatattatataatatatataaattatatatat---tatatatt +atataatatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tatatattatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatata--------ttat--- +---------------------------ataatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +------------------tatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcagctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG01114_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01114_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +attatatattaatatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatatattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatat--tatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatata-----------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01123_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01123_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01175_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatat-attataatatataattatataatatataa +ttata-tattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatattatatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatatataataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata--tatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01175_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG01243_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01243_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01258_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01258_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +---------taatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat---------------------------tatata +atatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataat---------------------------------------- +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtggagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG01358_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat---------------------------tatata +atatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +------------------tatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataat---------------------------------------- +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtggagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG01358_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------aaataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG01361_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01361_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01505_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG01505_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01596_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01596_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01891_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01891_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattattt-attataatatataattatataatatataa +ttata-ttatataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatattatatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatatataataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01928_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01928_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG01952_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------aaataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG01952_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01978_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG01978_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatataattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat---------------------------tatata +atatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtggagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG02011_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02011_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG02055_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatatattatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataattatattatatattatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02055_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatatattatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataattatattatatattatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02080_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG02080_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02109_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02109_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattattt-attataatatataattatataatatataa +ttata-ttatataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatattatatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatatataataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-at---------ta +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02145_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattatatataataaaattatatataattatatata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02145_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02148_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02148_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG02257_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +a--atataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat---------------------------tatata +atatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG02257_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02486_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatataaaattatatat---------------------------tatata +atatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +----tatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG02486_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatatat-------taatatataattatattatat +-------attaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattata- +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +-----tat-atatatataattatatat---------------------------tatata +atatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG02492_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatata-- +--atatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02492_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02559_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttata-tattataataatataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02559_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatat-attataatatataattatataatatataa +ttata-tattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatattatatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatatataataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata--tattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02572_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatatattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatat--tatatatt +atatat--tatata-------ttatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatata-----------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02572_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattattt-attataatatataattatataatatataa +ttata-ttatataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatattatatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatatataataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02587_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02587_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02622_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02622_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatatatataatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatatattatata-taatatataattatattatat +attattatataatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatat-aatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatg--------------------tatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatat-attataatatataattat----------- +----------------atataattatatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatat- +---tatat-ata-----------------------------------------atatatt +atatatataatata-tatatattatataatatatataaattatatatat---tatatatt +atataatatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tatatattatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatata--------ttat--- +---------------------------ataatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +------------------tatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcagctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG02630_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------------------------------------------------------- +-----------------------------------------atatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02630_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttata-tattataataatataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02717_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata----atatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02717_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata----atatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02723_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataat---------------------------------------- +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG02723_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatataaatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatg--tatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattattt-attataatatataattatataatatataa +ttata-ttatataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatattatatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatatataataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02818_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatatt-tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG02818_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +a--atataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat---------------------------tatata +atatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG02886_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +a--atataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat---------------------------tatata +atatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG02886_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +-----tat-atatatataattatatat---------------------------tatata +atatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +----tatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG03009_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatat-attataatatataattatataatatataa +ttata-tattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatattatatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatatataataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata--tatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03009_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaat----------------------- +--atatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataatta---- +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG03065_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttata-tattataataatataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03065_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatatatataatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatatattatata-taatatataattatattatat +atta-tatataatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatat-aatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatg--------------------tatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatat-attataatatataattat----------- +----------------atataattatatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatat- +---tatat-ata-----------------------------------------atatatt +atatatataatata-tatatattatataatatatataaattatatatat---tatatatt +atataatatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tatatattatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatata--------ttat--- +---------------------------ataatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +------------------tatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcagctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG03098_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatatatataatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatatattatata-taatatataattatattatat +atta-tatataatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatat-aatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatg--------------------tatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatat-attataatatataattat----------- +----------------atataattatatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatat- +---tatat-ata-----------------------------------------atatatt +atatatataatata-tatatattatataatatatataaattatatatat---tatatatt +atataatatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tatatattatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatata--------ttat--- +---------------------------ataatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +------------------tatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcagctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG03098_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataat---------------------------------------- +---------------------------tatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +a--atataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaat----------------------- +--atatat-atatatataattatatat---------------------------tatata +atatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG03125_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatatatataatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatatattatata-taatatataattatattatat +atta-tatataatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatat-aatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatg--------------------tatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatat-attataatatataattat----------- +----------------atataattatatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatat- +---tatat-ata-----------------------------------------atatatt +atatatataatata-tatatattatataatatatataaattatatatat---tatatatt +atataatatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tatatattatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatata--------ttat--- +---------------------------ataatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +------------------tatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcagctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG03125_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatatatataatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatatattatata-taatatataattatattatat +atta-tatataatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatat-aatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatg--------------------tatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatat-attataatatataattat----------- +----------------atataattatatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatat- +---tatat-ata-----------------------------------------atatatt +atatatataatata-tatatattatataatatatataaattatatatat---tatatatt +atataatatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tatatattatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatata--------ttat--- +---------------------------ataatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +------------------tatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcagctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG03371_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata----atatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03371_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03453_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattattt-attataatatataattatataatatataa +ttata-ttatataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatattatatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatatataataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03453_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03486_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattattt-attataatatataattatataatatataa +ttata-ttatataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatattatatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatatataataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03486_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata----atatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03492_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG03492_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03516_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03516_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03540_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttata-tattataataatataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03540_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03579_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttata-tattataataatataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03579_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03683_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>HG03683_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatata------------ +---atatatataaatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatat-attataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03732_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--at--atataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>HG03732_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatat-attataatatataattatataatatataa +ttata-tattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatattatatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatatataataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatatattatata-------ttatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata--tatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA12329_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>NA12329_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +-----tat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>NA12878_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat---------------------------tatata +atatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtggagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>NA12878_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA18534_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA18534_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA18906_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatatattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--ta---------tatatatt +atatat--tatata-------ttatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatata-----------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA18906_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +a--atataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>NA18939_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA18939_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA19238_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA19238_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA19239_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +attatatattaatatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatatattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatat--tatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatata-----------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA19239_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata----atatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA19240_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata----atatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA19240_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA19650_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatat-tatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA19650_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgt-tatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA19983_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA19983_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +attatatattaatatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatatattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatat--tatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatata-----------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA20129_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtataat +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA20129_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA20509_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattata-tatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataatatatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctc-gctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA20509_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>NA20847_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA20847_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaa +ctatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat--------------------------------- +-tatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>NA21309_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +attatatattaatatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatatattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatat--tatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatata-----------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA21309_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA24385_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>NA24385_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>PGP1_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattat-ttattataat--------------------- +----------------aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>PGP1_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>ei:HG00733_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>ei:HG00733_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>ei:HG02818_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatatt-tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>ei:HG02818_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +a--atataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat---------------------------tatata +atatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaa +tatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>ei:HG03486_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattattt-attataatatataattatataatatataa +ttata-ttatataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatattatatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatatataataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>ei:HG03486_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata----atatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>ei:NA19240_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +atta-------atatataattatattatata----------------------------- +-------------------------------ttatatattaatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataatatataattatataatatataa +ttatattattataat-atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------------------------------tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>ei:NA19240_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata----atatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatat--tatata-------atatataatatacataatttatatatat---tgtatatt +atataatatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattatatataataaaattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>li:HG00733_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>li:HG00733_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>li:NA12878_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>li:NA12878_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatatta--- +-----------atatataattatattatata----------------------------- +--------ttaatatataattatattatatattatatat-aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaa------------------------ +---tatat-atatatataattatatat---------------------------tatata +atatataatatataatatataatatataatatatataattataatatataattgtatatt +atatattatata------------------------------atatataatatatataat +tataatatataattgtatat----------------------tata-attatataatata +taattataatatacaattatatattatataatatataattgtata--ttataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtatatatatta----------------------------------atatataat +tgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtggagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcacgccattctcctgcctc +>li:NA24385_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>li:NA24385_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>syndip_1_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>syndip_2_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatataaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtatta +tataattttatatatgtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattat +aatgtattatataattgtataatataatatataataatataatatataattatttattat +aatatataattatataatatataattatattattataat--------------------- +----------------atataat--tatatataattatatatataattaattataattaa +ttatatttatatat--tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatata +atatata--ataaatataattatatatataatata-tattatatatatattatatatatt +atatatattatatattatataatatataatatacataatttatatata-----gtatatt +atataatatataatatataa---------------------tatatataatatatataat +tataata-----------------------------------tata-attatatataata +aaattat----------------------------------------atataattat--- +----------------------atataattatatat-attatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--t----------------------------------atatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc +>ref_chr1:600-1000 +ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat +att--------------------------------------------------------- +----------------------------------------aatatataattatattatat +attatatattaatatataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtat-- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +-------------------------------tatataattatatataatataattatata +taattgtata-------------------------------------------------- +--------------------tattaatatataattgtatatataat-------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--tatatatatattaatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattg +tatatataattatatatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctct +gtcacccacgctggagtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccagg +ttcatgccattctcctgcctc diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_0d3666ebd38cd600bb407b0bf169b260.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_0d3666ebd38cd600bb407b0bf169b260.msa deleted file mode 100644 index 9772f5ee..00000000 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_0d3666ebd38cd600bb407b0bf169b260.msa +++ /dev/null @@ -1,195 +0,0 @@ ->syndip_1_chr20:56280441-56282014 -aaaaaggtaacatccatatacagatataatatctataacatatatagatatatggatata -acatccatatatagatatatctatatatctatctatagctac------------------ ---------------atctacagatatctatagctacatctacagatatctacagatatct -atagctacatctacagatatctatagctacatctacagatatctacagatatctacagct -acatctacagatatctatagatatctatagctatatctacagatatctatcgatagatat -atctatcgatagatatatccacatagatatctagatatatatggatatatctatagatat -ctatctggatatatctatcgatagatatatagatatatatagataaagctatatagatat -atatagataaacctatatagatacatagatatatagagagaaacctatatacatatatag -atatatagagagaaacctatatagatatatagatatatagagagaaacctatatagatgt -atagataaacctatatagatatatagataaacctatgtagatatatagatatatatagat -aaatctatatagatatataaaatagataaatctatatagatatatatacataaatctata -tagatatatatacataaatctatatatatacataaatctatatatacataaatctatata -gatatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatatagatatatataca -taaatctatatagatatatatacataaatctatatagatatatacataaatctatataga -tatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatatagatatatatacata -aatctatatagatacatatagataaatctatacagatatatagatacatatagataaatc -tatacagatatatagatacatatagataaatctatacagatatatagatacatatagata -aatctatacagatatatagatacatatagataaatctatacagatatatagatacatata -gataaatctatacagatatatagatacatatagataaatctatacagatatatagataca -tatagatacatctatacagatatatagatacatatagatacatctatacagatatataga -tacatatagatacatctatacagatatattgatacatatagatacatctatatagatata -tagat--atatagatacatctatatagatatatagatatatagatacatctatatagata -tattgatacat--atagatacatctatatagattagatatatatagatacatctatatag -attagatatatatagatacatctatatagattagatatatatagatacatctatatatag -atatatagatatatatagatacatctatatatagacatatagatatatatagatacatct -atatatagatatatagatgtatatagatacatctatat--atagatatatagatgtatat -agatacatctatatatagatatatagatgtatatagatacatctatatatagatatatag -atgtatatagatacatctatat--atagatatatagatgtatatagatacatctatatat -agatatatagatgtatatagatacatctatatatagatatatagatgtatatagatacat -ctatatatagatatatagatgtatatagatacatctatatatagatatatagatgtatat -agatacatctatatatagatatatagatgtatatagatacatagatatatatagatacat -ttatgtatatatatatgtatatatagatatatagatatatatagatacatctacacagag -agatatatagaaacatctacacagggagatatatagatacatctacatagagagatatat -agatacatctacatagagagatatatagatacatctacatagagagatatatagatacat -ctacatagagagatatatagatacatctacacagagagatatatagaaacatctacacag -ggagatatatagatacatctacacagagagatatatagatacatctacatagagagatat -atagatacatctacatagagagatatatagatacatctacatagagagatatatagatac -atctacatagagagatatatagatacatc ->syndip_2_chr20:56280441-56282014 -aaaaaggtaacatccatatacagatataatatctataacatatatagatatatggatata -acatccatatatagatatatctatatatctatctatagctacatctacagatatctatag -ctacatctacagatatctacagatatctatagctacatctacagatatctacagatatct -atagctacatctacagatatctatagctacatctacagatatctacagatatctacagct -acatctacagatatctatagatatctatagctatatctacagatatctatcgatagatat -atctatcgatagatatatccacatagatatctagatatatatggatatatctatagatat -ctatctggatatatctatcgatagatatatagatatatatagataaagctatatagatat -atatagataaacctatatagatacatagatatatagagagaaacctatatacatatatag -atatatagagagaaacctatatagatatatagatatatagagagaaacctatatagatgt -atagataaacctatatagatatatagataaacctatgtagatatatagatatatatagat -aaatctatatagatatataaaatag------------------------ataaatctata -tagatatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatatatatacataaa -tctatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatatagatatatataca -taaatctatatagatatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatata -gatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatatagatatatatacata -aatctatataga------------------------tatatagatacatatagataaatc -tatacagatatatagatacatatagataaatctatacagatatatagatacatatagata -aatctatacagatatatagatacatatagataaatctatacagatatatagatacatata -gataaatctatacagatatatagatacatatagataaatctatacagatatatagataca -tatagataaatctatacagatatatagatacatatagatacatctatacagatatataga -tacatatagatacatctatacagatatatagatacatatagatacatctatacagatata -ttgatacatatagatacatctatatagatatatagatatatagatacatctata------ ------------------------------------------------------------- --------------------------------tagatatatatagatacatctatatatag -acatatagatatatatagatacatctatatatagacatatagatatatatagatacatct -atatatagatatatagatatatatagatacatctacacagagagatatatagaaacatct -acacagggagatatatagatacatctacacagagagatatatagatacatctacatagag -agatatatagatacatctatatagagagatatatagatacatctacatagagagatatat -agatacatctacatagagagatatatagatacatctacatagagagatatatagatacat -c----------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------ ->p:HG002_1_chr20:56280441-56282014 -aaaaaggtaacatccatatacagatataatatctataacatatatagatatatggatata -acatccatatatagatatatctatatatctatctatagctac------------------ ---------------atctacagatatctatagctacatctacagatatctacagatatct -atagctacatctacagatatctatagctacatctacagatatctacagatatctacagct -acatctacagatatctatagatatctatagctatatctacagatatctatcgatagatat -atctatcgatagatatatccacatagatatctagatatatatggatatatctatagatat -ctatctggatatatctatcgatagatatatagatatatatagataaagctatatagatat -atatagataaacctatatagatacatagatatatagagagaaacctatatacatatatag -atatatagagagaaacctatatagatatatagatatatagagagaaacctatatagatgt -atagataaacctatatagatatatagataaacctatgtagatatatagatatatatagat -aaatctatatagatatataaaatagataaatctatatagatatatatacataaatctata -tagatatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatatatatacataaa -tctatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatatagatatatataca -taaatctatatagatatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatata -gatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatatagatatatata---- -----tatatagatatatatacataaatc--------tatatagatacatatagataaatc -tatacagatatatagatacatatagataaatctatacagatatatagatacatatagata -aatctatacagatatatagatacatatagataaatctatacagatatatagatacatata -gataaatctatacagatatatagatacatatagataaatctatacagatatatagataca -tatagataaatctatacagatatatagatacatatagatacatctatacagatatataga -tacatatagatacatctatacagatatatagatacatatagatacatctatacagatata -ttgatacatatagatacatctatatagatatatagatatatagatacatctata------ ------------------------------------------------------------- --------------------------------tagatatatagatata----tagatacat -ctatatagatatatatagatacatctatatatagacatatagatatatatagatacatct -atatatagatatatagatatatatagatacatctacacagagagatatatagaaacatct -acacagggagatatatagatacatctacacagagagatatatagatacatctacatagag -agatatatagatacatctacatagagagatatatagatacatctacatagagagatatat -agatacatctacatagagagatatatagatacatc------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------ ->p:HG002_2_chr20:56280441-56282014 -aaaaaggtaacatccatatacagatataatatctataacatatatagatatatggatata -acatccatatatagatatatctatatatctatctatagctac------------------ -----------------------------------------------atctacagatatct -atagctacatctacagatatctatagctacatctacagatatctacagatatctacagct -acatctacagatatctatagatatctatagctatatctacagatatctatcgatagatat -atctatcgatagatatatccacatagatatctagatatatatggatatatctatagatat -ctatctggatatatctatcgatagatatatagatatatatagataaagctatatagatat -atatagataaacctatatagatacatagatatatagagagaaacctatatacatatatag -atatatagagagaaacctatatagatatatagatatatagagagaaacctatatagatgt -atagataaacctatatagatatatagataaacctatgtagatatatagatatatatagat -aaatctatatagatatataaaatagataaatctatatagatatatatacataaatctata -tagatatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatatatatacataaa -tctatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatatagatatatataca -taaatctatatagatatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatata -gatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatatagatatatatacata -aatctatatagatatatatacataaatctatacagatatatagatacatatagataaatc -tatacagatatatagatacatatagataaatctatacagatatatagatacatatagata -aatctatacagatatatagatacatatagataaatctatacagatatatagatacatata -gataaatctatacagatatatagatacatatagataaatctatacagatatatagataca -tatagataaatctatacagatatatagatacatatagatacatctatacagatatataga -tacatatagatacatctatacagatatatagatacatatagatacatctatacagatata -ttgatacatatagatacatctatatagatatatagatatatagatacatctatatagata -tatagatatatagatacatacatctatatagattagatatatatagatacatctatatag -attagatatatatagatacatctatatagattagatatatatagatacatctatatatag -atatatagatatatatagatacatctatatatagatatatagatatatatagatacatct -atatatagatatatagatgtatatagatacatctatat--atagatatatagatgtatat -agatacatctatatatagatatatagatgtatatagatacatctatatatagatatatag -atgtatatagatacatctatat--atagatatatagatgtatatagatacatctatatat -agatatatagatgtatatagatacatctatatatagatatatagatgtatatagatacat -ctatatatagatatatagatgtatatagatacatctatatatagatatatagatgtatat -agatacatctatatatagatatatagatgtatatagatacatagatatatatagatacat -ttatgtatatatatatgtatatatagatatatagatatatatagatacatctacacagag -agatatatagaaacatctacacagggagatatatagatacatctacatagagagctatat -agatatatatagatacatctatatatagacatatagatatatatagatacatctatatat -agatatatagatatatatagatacatctacacagagagatatatagaaacatctacacag -ggagatatatagatacatctacacagagagatatatagatacatctacatagagagatat -atagatacatctacatagagagatatatagatacatctacatagagagatatatagatac -atctacatagagagatatatagatacatc ->ref_chr20:56280441-56282014 -aaaaaggtaacatccatatacagatataatatctataacatatatagatatatggatata -acatccatatatagatatatctatatatctatctatagctac------------------ ---------------atctacagatatctatagctacatctacagatatctacagatatct -atagctacatctacagatatctatagctacatctacagatatctacagatatctacagct -acatctacagatatctatagatatctatagctatatctacagatatctatcgatagatat -atctatcgatagatatatccacatagatatctagatatatatggatatatctatagatat -ctatctggatatatctatcgatagatatatagatatatatagataaagctatatagatat -atatagataaacctatatagatacatagatatatagagagaaacctatatacatatatag -atatatagagagaaacctatatagatatatagatatatagagagaaacctatatagatgt -atagataaacctatatagatatatagataaacctatgtagatatatagatatatatagat -aaatctatatagatatataaaatagataaatctatatagatatatatacataaatctata -tagatatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatatatatacataaa -tctatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatatagatatatataca -taaatctatatagatatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatata -gatatatacataaatctatatagatatatatacataaatctatatagatatatatacata -aatctatatagatatatatacataaatc--------tatatagatacatatagataaatc -tatacagatatatagatacatatagataaatctatacagatatatagatacatatagata -aatctatacagatatatagatacatatagataaatctatacagatatatagatacatata -gataaatctatacagatatatagatacatatagataaatctatacagatatatagataca -tatagataaatctatacagatatatagatacatatagatacatctatacagatatataga -tacatatagatacatctatacagatatatagatacatatagatacatctatacagatata -ttgatacatatagatacatctatatagatatatagatatatagatacatctata------ ------------------------------------------------------------- --------------------------------tagatatatagatata----tagatacat -ctatatagatatatatagatacatctatatatagacatatagatatatatagatacatct -atatatagatatatagatatatatagatacatctacacagagagatatatagaaacatct -acacagggagatatatagatacatctacacagagagatatatagatacatctacatagag -agatatatagatacatctacatagagagatatatagatacatctacatagagagatatat -agatacatctacatagagagatatatagatacatc------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------ diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_a3b02bde8a503aab8bb0da7f33f98a9d.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_198bdf87b60e4ea96dbdacfeb79a01dc.msa similarity index 99% rename from repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_a3b02bde8a503aab8bb0da7f33f98a9d.msa rename to repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_198bdf87b60e4ea96dbdacfeb79a01dc.msa index 21ba1dec..d10b6f5d 100644 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_a3b02bde8a503aab8bb0da7f33f98a9d.msa +++ b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_198bdf87b60e4ea96dbdacfeb79a01dc.msa @@ -83,7 +83,7 @@ aacgcacccgagtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcg cctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcctctccgtgtgcaggtcccccgggcctccg cgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctc cgcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcc -tccgcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgtgtgtgcaggtcccccggg +tccgcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgcgtgtgcaggtcccccggg cctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccg ggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgtgtgtgcaggtcccc cgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctccgtgtgcaggtcc diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_b8a80f7b3dfaf0a255d5fa6ea4cdadc6.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_2f584d342cd0122481374518f9e81904.msa similarity index 73% rename from repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_b8a80f7b3dfaf0a255d5fa6ea4cdadc6.msa rename to repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_2f584d342cd0122481374518f9e81904.msa index da248481..2221e0dc 100644 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_b8a80f7b3dfaf0a255d5fa6ea4cdadc6.msa +++ b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_2f584d342cd0122481374518f9e81904.msa @@ -11,11 +11,11 @@ gaggtcaagagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaaccccatctctactaaaaaa tacaaaaaattagccgggcgtggtggtgggcacctgtagtcccagctactcgggaggctg aggcagaatggcgtgaacctggtaggcagagcttgcagtgagctgagatcacgccactgc actccagcctgggtgacagagcaagactccatctcaaaaataaataaataaataaataaa -taaataa-taataataataataaaaaa--------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- -------------------------------- +ta-------aataataataataataataaagacttgtgatcctctccctctccctctccc +tctccgtctccctctccctctccctctccctccctctccgtctccgtctccgtctccgtc +tccctctccctctccccacggtctccctctcatgcggagccgaagctggactgtactgct +gccatctcggctcactgcaacctccctgcctgattctcctgcctcagcctgccgagtgcc +tgcgattgcaggcacgcgccgccacgcctgactggtt >syndip_2_chr20:32722324-32723313 acagaggtctcctgaaaattagtgcccataacaggtgtttggtagacaggtctcagccct cagacaaacccatttccaaagatgaaggccagagaatgagaataatgatttatcgttctg @@ -29,11 +29,11 @@ gaggtcaagagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaaccccatctctactaaaaaa tacaaaaaattagccgggcgtggtggtgggcacctgtagtcccagctactcgggaggctg aggcagaatggcgtgaacctggtaggcagagcttgcagtgagctgagatcacaccactgc actccagcctgggtgacagagcaagactccatctcaaaaataaataaataaataaataaa -taaataaataataataataataataat--------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- -------------------------------- +taaataaataataataataataataataaagacttgtgatcctctccctctccctctccc +tctccgtctccctctccctctccctctccctccctctccgtctccgtctccgtctccgtc +tccctctccctctccccacggtctccctctcatgcggagccgaagctggactgtactgct +gccatctcggctcactgcaacctccctgcctgattctcctgcctcagcctgccgagtgcc +tgcgattgcaggcacgcgccgccacgcctgactggtt >p:HG002_1_chr20:32722324-32723313 acagaggtctcctgaaaattagtgcccataacaggtgtttggtagacaggtctcagccct cagacaaacccatttccaaagatgaaggccagagaatgagaataatgatttatcgttctg @@ -47,11 +47,11 @@ gaggtcaagagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaaccccatctctactaaaaaa tacaaaaaattagccgggcgtggtggtgggcacctgtagtcccagctactcgggaggctg aggcagaatggcgtgaacctggtaggcagagcttgcagtgagctgagatcacaccactgc actccagcctgggtgacagagcaagactccatctcaaaaataaataaataaataaataaa -taaataa----------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- -------------------------------- +ta-------aataataataataataataaagacttgtgatcctctccctctccctctccc +tctccgtctccctctccctctccctctccctccctctccgtctccgtctccgtctccgtc +tccctctccctctccccacggtctccctctcatgcggagccgaagctggactgtactgct +gccatctcggctcactgcaacctccctgcctgattctcctgcctcagcctgccgagtgcc +tgcgattgcaggcacgcgccgccacgcctgactggtt >p:HG002_2_chr20:32722324-32723313 acagaggtctcctgaaaattagtgcccataacaggtgtttggtagacaggtctcagccct cagacaaacccatttccaaagatgaaggccagagaatgagaataatgatttatcgttctg @@ -65,11 +65,11 @@ gaggtcaagagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaaccccatctctactaaaaaa tacaaaaaattagccgggcgtggtggtgggcacctgtagtcccagctactcgggaggctg aggcagaatggcgtgaacctggtaggcagagcttgcagtgagctgagatcacgccactgc actccagcctgggtgacagagcaagactccatctcaaaaataaataaataaataaataaa -taaataa-taataataataat--------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- -------------------------------- +ta-------aataataataataataataaagacttgtgatcctctccctctccctctccc +tctccgtctccctctccctctccctctccctccctctccgtctccgtctccgtctccgtc +tccctctccctctccccacggtctccctctcatgcggagccgaagctggactgtactgct +gccatctcggctcactgcaacctccctgcctgattctcctgcctcagcctgccgagtgcc +tgcgattgcaggcacgcgccgccacgcctgactggtt >ref_chr20:32722324-32723313 acagaggtctcctgaaaattagtgcccataacaggtgtttggtagacaggtctcagccct cagacaaacccatttccaaagatgaaggccagagaatgagaataatgatttatcgttctg @@ -83,8 +83,8 @@ gaggtcaagagatcgagaccatcctggctaacacggtgaaaccccatctctactaaaaaa tacaaaaaattagccgggcgtggtggtgggcacctgtagtcccagctactcgggaggctg aggcagaatggcgtgaacctggtaggcagagcttgcagtgagctgagatcacgccactgc actccagcctgggtgacagagcaagactccatctcaaaaataaataaataaataaataaa -taaataa-taataataataataaagacttgtgatcctctccctctccctctccctctccg -tctccctctccctctccctctccctccctctccgtctccgtctccgtctccgtctccctc -tccctctccccacggtctccctctcatgcggagccgaagctggactgtactgctgccatc -tcggctcactgcaacctccctgcctgattctcctgcctcagcctgccgagtgcctgcgat -tgcaggcacgcgccgccacgcctgactggtt +ta-------aataataataataataataaagacttgtgatcctctccctctccctctccc +tctccgtctccctctccctctccctctccctccctctccgtctccgtctccgtctccgtc +tccctctccctctccccacggtctccctctcatgcggagccgaagctggactgtactgct +gccatctcggctcactgcaacctccctgcctgattctcctgcctcagcctgccgagtgcc +tgcgattgcaggcacgcgccgccacgcctgactggtt diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_3af60a231e26aa93504606f040b84a53.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_3af60a231e26aa93504606f040b84a53.msa deleted file mode 100644 index cae7c1d5..00000000 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_3af60a231e26aa93504606f040b84a53.msa +++ /dev/null @@ -1,145 +0,0 @@ ->syndip_1_chr20:20320239-20320620 -ggaaatttgaaacctggagagttaatgatgataagcaattatgattaatttttttagcag -taaagatggtatttcagatatatagatatatatatattatatatatgtaatatatataat -atatgtaatatatattatatatatgtaatatatataatatatgtaatatatgtaatatat -attatatatgtaatataatatatgtaatatatattatatatgtaatatata--------- ----------------------------atatatgtaatatatattatatatgtaatataa -tatatgtaatatatattatatatgtaatatatattacatatattatatatgcaatatata -ttatatatattatatatgcaatatatattatatatattatatatgcaatatatattatat -atgcaatatatattatatatattatatatgcaatatatattatatatattacatatgtaa -tatatattacatatgtaatatataatatattatatattacatatgtaatatataatatat -tatatattacatatgtaatatataatatatattacatatgtaatatataatatatattac -atatgtaatatattatatattacatatgtaatatattatatattacatatgtaatatatt -atatattacatatgtaatatattatatattacatatgtaatatattatatattacatatg -taatatatataatatattacatatgtaatatataatatattatatatgtaatatatatta -catatataatatatataatatatatgtaatatattatatatattatatatgtaatatata -ttacatatataatatatattatatatattacatatattatatatgtaatatatattacat -atgtaatatatgtaatatatattacatatgtaatatatattatatatgtaatatatatta -catatattatatatgtaatatatattatatatattatatatgtaatgtataatatatata -ttatatatgtaatatatattatatataatatatgtaatatatattatatatgtaatgtat -attatatatattatatatgtaatgtatattatatataatatatgtaatgtatattatata -tgtaatatatattatgtatattatatatgtaatatatattatatatattatatatgtaat -atatattatatatattatatatgtaatatatattatatatattatatatgtaatatatat -tatatatattatatatgtaatatatattatatatattatatatgtaatatatattatata -tattatatatgtaatatatattatatatattatatatgtaatatatattatatatattat -atatgtaatatatattatatatattatatatgtaatatatattatatatattatatatgt -aatatatattatatatattatatatgtaatatatattatatatattatatatgtaatata -tattatatatattatatatgtaatatatattatatatattatatatgtaatatatatata -tttaaaaacagaaccattatcttttagagatacatactgaagtgtctggagacatgcttc -aagataacccag ->syndip_2_chr20:20320239-20320620 -ggaaatttgaaacctggagagttaatgatgataagcaattatgattaatttttttagcag -taaagatggtatttcagatatatagatatatatatattatatatatgtaatatatataat -atatgtaatatatattatatatatgtaatatatataatatatgtaatatatgtaatatat -attatatatgtaatataatatatgtaatatatattatatatgtaatatata--------- ----------------------------atatatgtaat----------------atataa -tatatgtaatatatattatatatgtaatatata--atatatattatatatgtaatatata -tatatttaaaaacagaaccattatcttttagagatac----------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ----------------------------------atactgaagtgtctggagacatgcttc -aagataacccag ->p:HG002_1_chr20:20320239-20320620 -ggaaatttgaaacctggagagttaatgatgataagcaattatgattaatttttttagcag -taaagatggtatttcagatatatagatatatatatattatatatatgtaatatatataat -atatgtaatatatattatatatatgtaatatatataatatatgtaatatatgtaatatat -attatatatgtaatataatatatgtaatatatattatatatgtaatatata--------- ----------------------------atatatgtaat----------------atataa -tatatgtaatatatattatatatgtaatatata--atatatattatatatgtaatatata -tatatttaaaaacagaaccattatcttttagagatac----------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ----------------------------------atactgaagtgtctggagacatgcttc -aagataacccag ->p:HG002_2_chr20:20320239-20320620 -ggaaatttgaaacctggagagttaatgatgataagcaattatgattaatttttttagcag -taaagatggtatttcagatatatagatatatatatattatatatatgtaatatatataat -atatgtaatatatattatatatatgtaatatatataatatatgtaatatatgtaatatat -attatatatgtaatataatatatgtaatatatattatatatgtaatatataatatatgta -atatatatattatatatgtaatatataatatatgtaatatatattatatatgtaatataa -tatatgtaatatatattatatatgtaatatatattacatatattatatatgcaatatata -ttatatatattatatatgcaatatatattatatatattatatatgcaatatatattatat -atgcaatatatattatatatattatatatgcaatatatattatatatattacatatgtaa -tatatattacatatgtaatatataatatattatatattacatatgtaatatataatatat -tatatattacatatgtaatatataatatatattacatatgtaatatataatatatattac -atatgtaatatattatatattacatatgtaatatattatatattacatatgtaatatatt -atatattacatatgtaatatattatatattacatatgtaatatattatatattacatatg -taatatatataatatattacatatgtaatatataatatattatatatgtaatatatatta -catatataatatatataatatatatgtaatatattatatatattatatatgtaatatata -ttacatatataatatatattatatatattacatatattatatatgtaatatatattacat -atgtaatatatgtaatatatattacatatgtaatatatattatatatgtaatatatatta -catatattatatatgtaatatatattatatatattatatatgtaatgtataatatatata -ttatatatgtaatatatattatatataatatatgtaatatatattatatatgtaatgtat -attatatatattatatatgtaatgtatattatatataatatatgtaatgtatattatata -tgtaatatatattatgtatattatatatgtaatatatattatatatattatatatgtaat -atatattatatatattatatatgtaatatatattatatatattatatatgtaatatatat -tatatatattatatatgtaatatatattatatatattatatatgtaatatatattatata -tattatatatgtaatatatattatatatattatatatgtaatatatattatatatattat -atatgtaatatatattatatatattatatatgtaatatatattatatatattatatatgt -aatatatattatatatattatatatgtaatatatattatatatattatatatgtaatata -tatgtaatatatattatatatgtaatatataatatatattatatatgtaatatatatata -tttaaaaacagaaccattatcttttagagatacatactgaagtgtctggagacatgcttc -aagataacccag ->ref_chr20:20320239-20320620 -ggaaatttgaaacctggagagttaatgatgataagcaattatgattaatttttttagcag -taaagatggtatttcagatatatagatatatatatattatatatatgtaatatatataat -atatgtaatatatattatatatatgtaatatatataatatatgtaatatatgtaatatat -attatatatgtaatataatatatgtaatatatattatatatgtaatatata--------- ----------------------------atatatgtaat----------------atataa -tatatgtaatatatattatatatgtaatatata--atatatattatatatgtaatatata -tatatttaaaaacagaaccattatcttttagagatac----------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ----------------------------------atactgaagtgtctggagacatgcttc -aagataacccag diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_5d8ac2ddabd0e0989de0cab49214998e.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_5d8ac2ddabd0e0989de0cab49214998e.msa deleted file mode 100644 index cb9d9d9e..00000000 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_5d8ac2ddabd0e0989de0cab49214998e.msa +++ /dev/null @@ -1,165 +0,0 @@ ->syndip_1_chr20:20337185-20337725 -tggaaataaggaaacagggtttaggaaggcctcactagacctgttaggatggatgcatgg -atggatggatggatggacagaatgggtgggtggatggatggatggatagatggatggatg -gatggatggatggatggatggatggatggatggatagatgggtgggtgggtggatggatg -gatggatggatggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatg -gatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggata -gatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatg -gatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatg -gatggatagatgggtggatggataaatggatggatggatggatggatagatgggtgggtg -gatggatggatggatggatggatggatggatggatagatagatggatagatgggtgggtg -gatggatggatggatggatggatggatggatggatggatagatgggtggatggatggata -gatgggtgggtggatggatggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatg -gatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatg -gatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatg -gatggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtg -gatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatg -gatggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtg -gatggatggatggatggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggata -gatgggtgggtggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatagatggata -gatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatg -gatagatgggtgggtggatggatggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatg -gatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatg -gatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggata -gatgggtgggtggatggatggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatg -gatagatgggtgggtggatggatggatggatggatggatagatggatagatgggtgggtg -gatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatggatggatggatggatg -gatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatg -gatggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatggatagatg -ggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtg -ggtggatggatggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatg -ggtgggtggatggatggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggata -gatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtgggtggatggatggatggatg -gatagaataaaaaagaaagctaggacatggttctagtgttcttagcagacg ->syndip_2_chr20:20337185-20337725 -tggaaataaggaaacagggtttaggaaggcctcactagacctgttaggatggatgcatgg -atggatggatggatggacagaatgggtgggtggatggatggatggatggatggatggatg -gatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtggatggataaatggatg -gatggatggatggatagatgggtgggtagatggatggatggatggatggatggatggatg -gatggatggatggatag--------------------atgggtgggtgggtggatggatg -gatggatggatggatggatggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatg -gatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatg -gatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatg -gatggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtg -gatggatggatggatagatgggtggatggataaatggatggatggatggatggatagatg -ggtgggtggatggatggatggatgga---------------------------------- -------------------tggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatg -gatggatggatggatggatggatagatgggtggatggatggatagatgggtgggtggatg -gatggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggata------------ ---------gatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatg -gatggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtg -gatggatggatggatagatggataga---------------------------------- -------tgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggata -gatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatg -gatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatg -gatggata--------------------gatggatagatgggtgggtggatggatggatg -gatagatgggtgggtggatggatggatggatggatggatggatggatggatagatggata -gatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatg -gatagatgggtgggtggatggatggatggatagatggataga------------------ -----------------------tgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtg -gatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatggatagatgggtg -ggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatggatagatg -ggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtg -ggtgggtggatg--------gatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatg -ggtgggtggatggatggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggata -gatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtgggtggatggatggatggatg -gatagaataaaaaagaaagctaggacatggttctagtgttcttagcagacg ->p:HG002_1_chr20:20337185-20337725 -tggaaataaggaaacagggtttaggaaggcctcactagacctgttaggatggatgcatgg -atggatggatggatggacagaatgggtgggtggatggatggatggatagatggatggatg -gatggatggatggatggatggatggatggatggatagatgggtgggtgggtggatggatg -gatggatggatggatggatggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatg -gatagatggatagatgg--------------------gtgggtggatggatggatggata -gatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtggatggataaatggatggatggatg -gatggatagatgggtgggtggatggatggatggatggatggatggatggatggatagatg -gatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatg -gatggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtg -gatggatggatggatagatgggtggatggataaatggatggatggatggatggatagatg -ggtgggtggatggatggatggatgga---------------------------------- -------------------tggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatg -gatggatggatggatggatggatagatgggtggatggatggatagatgggtgggtggatg -gatggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggata------------ ---------gatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatg -gatggatggatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtg -gatggatggatggatagatggataga---------------------------------- -------tgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggata -gatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatg -gatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatg -gatggata--------------------gatggatagatgggtgggtggatggatggatg -gatagatgggtgggtggatggatggatggatggatggatggatggatggatagatggata -gatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatg -gatagatgggtgggtggatggatggatggatagatggataga------------------ -----------------------tgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtg -gatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatggatagatgggtg -ggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatggatagatg -ggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtg -ggtgggtggatg--------gatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatg -ggtgggtggatggatggatggatagatggatgggtggatggatggatggatagatgggtg -ggtgggtggatggatggatggatggatagatgggtgggtgggtggatggatggatggatg -gatagaataaaaaagaaagctaggacatggttctagtgttcttagcagacg ->p:HG002_2_chr20:20337185-20337725 -tggaaataaggaaacagggtttaggaaggcctcactagacctgttaggatggatgcatgg -atggatggatggatggacagaatgggtgggtggatggatggatggatagatggatggatg -gatggatggatggatggatggatggatggatggatagatgggtgggtgggtggatggatg -gatggatggatggatggatggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatg -gatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatg -gatggatagatgggtggatggataaatggatggatggatggatggatagatgggtgggtg -gatggatggatggatggatggatggatggatggatagatagatgggtgggtggatggatg -gatggatagatgggtgggtgggtggatggatggatggatggatagatgggtgggtgggtg -gatggatggatggatggataga-------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- -------ataaaaaagaaagctaggacatggttctagtgttcttagcagacg ->ref_chr20:20337185-20337725 -tggaaataaggaaacagggtttaggaaggcctcactagacctgttaggatggatgcatgg -atggatggatggatggacagaatgggtgggtggatggatggatggatagatggatggatg -gatggatggatggatggatggatggatggatggatagatgggtgggtgggtggatggatg -gatggatggatggatggatggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatggatg -gatagatggatagatgggtgggtggatggatggatggatagatgggtgggtggatggatg -gatggatagatgggtggatggataaatggatggatggatggatggatagatgggtgggtg -gatggatggatggatggatggatggatggatggatagat------gtgggtggatggatg -gatggatagatgggtgggtgggtggatggatggatggatggatagatgggtgggtgggtg -gatggatggatggatggataga-------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- -------ataaaaaagaaagctaggacatggttctagtgttcttagcagacg diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_7fd9ee27216345e87277b3eb261479c6.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_6147414e8642b5c9ece9fffa3cd6290f.msa similarity index 96% rename from repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_7fd9ee27216345e87277b3eb261479c6.msa rename to repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_6147414e8642b5c9ece9fffa3cd6290f.msa index 5cb30a93..85418d0f 100644 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_7fd9ee27216345e87277b3eb261479c6.msa +++ b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_6147414e8642b5c9ece9fffa3cd6290f.msa @@ -26,8 +26,8 @@ ttttgtgcatcacaaacacatatgctccctcagttttgtgcgtcacaaacgcgcgctccc tcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacacacacgctc cctcagttttgtgtg---------------------------------tcacaaacacac acgctccctcagttgtcaggggactttgcactgtgcctttgcatgaaacaccatggcttg -aagaggtcccgcatcgttagggcccccttgcccatggtgtggcgt--------------- -------------------------- +aagaggtcccgcatcgttagggcccccttgcccatggtgtggcgtcccctgaccgattta +gccgttattgagggacatcgaggtt >syndip_2_chr20:64134783-64136487 agcattaggtgtatctcctaatgctatccctcccctctccccgcaccccacaaaagtccc cggtgtgtgatgttccccttgaaaaggaggcgtttctgcttctcctctttccggtccttg @@ -56,8 +56,8 @@ ttttgtgcatcacaaacacatatgctccctcagttttgtgcgtcacaaacgcgcgctccc tcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacacacacgctc cctcagttttgtgtgtcacaaacacacacgctccctcagttttgcgcatcacaaacacac acgctccctcagttgtcaggggactttgcactgtgcctttgcatgaaacaccatggcttg -aagaggtcccgcatcgttagggcccccttgcccatggtgtggcgt--------------- -------------------------- +aagaggtcccgcatcgttagggcccccttgcccatggtgtggcgtcccctgaccgattta +gccgttattgagggacatcgaggtt >p:HG002_1_chr20:64134783-64136487 agcattaggtgtatctcctaatgctatccctcccctctccccgcaccccacaaaagtccc cggtgtgtgatgttccccttgaaaaggaagcgtttctgcttctcctctttccggtccttg @@ -86,8 +86,8 @@ ttttgtgcatcacaaacacatatgctccctcagttttgtgcgtcacaaacgcgcgctccc tcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacacacacgctc cctcagttttgtgtgtcacaaacacacacgctccctcagttttgcgcatcacaaacacac acgctccctcagttgtcaggggactttgcactgtgcctttgcatgaaacaccatggcttg -aagaggtcccgcatcgttagggcccccttgcccatggtgtggcgt--------------- -------------------------- +aagaggtcccgcatcgttagggcccccttgcccatggtgtggcgtcccctgaccgattta +gccgttattgagggacatcgaggtt >p:HG002_2_chr20:64134783-64136487 agcattaggtgtatctcctaatgctatccctcccctctccccgcaccccacaaaagtccc cggtgtgtgatgttccccttgaaaaggaagcgtttctgcttctcctctttccggtccttg @@ -116,8 +116,8 @@ ttttgtgcatcacaaacacatatgctccctcagttttgtgcgtcacaaacgcgcgctccc tcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacacacacgctc cctcagttttgtgtg---------------------------------tcacaaacacac acgctccctcagttgtcaggggactttgcactgtgcctttgcatgaaacaccatggcttg -aagaggtcccgcatcgttagggcccccttgcccatggtgtggcgt--------------- -------------------------- +aagaggtcccgcatcgttagggcccccttgcccatggtgtggcgtcccctgaccgattta +gccgttattgagggacatcgaggtt >ref_chr20:64134783-64136487 agcattaggtgtatctcctaatgctatccctcccctctccccgcaccccacaaaagtccc cggtgtgtgatgttccccttgaaaaggaggcgtttctgcttctcctctttccggtccttg diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_639c3175b81fc9a8306d7bf86fd76951.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_639c3175b81fc9a8306d7bf86fd76951.msa deleted file mode 100644 index d8ad9a51..00000000 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_639c3175b81fc9a8306d7bf86fd76951.msa +++ /dev/null @@ -1,130 +0,0 @@ ->syndip_1_chr20:63028776-63029503 -caacaatgcacaagtggcttgagtagaagagctgctcctgctgggaggcgcaggaggctg -agcgaggcccaccctgcaggggcgaggccacggtttgtgttatttcccatgatgactcca -aacgcacccgagtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcg -cctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcctctccgtgtgcaggtcccccgggcctccg -cgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctc -cgcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcc -tccgcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgtgtgtgcaggtcccccggg -cctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccg -ggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgtgtgtgcaggtcccc -cgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctccgtgtgcaggtcc -cccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgtgtgtgcaggt -cccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcag -gtcccccgggcctccgcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgc -aggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgt -gcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgtgt -gtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctcc -gtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcct -ccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgc -ctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgc -gcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctcc -gcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcct -ccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctctgcgtctctgtgtgcaggctcaagtttg -ccaacgtccatgcacgtctcagcctctcagcctggactggacaactgggcttcgggaatt -catttaaattctacccgctacacgccttccctggattcagggcggcgtccagtgcattca -t ->syndip_2_chr20:63028776-63029503 -caacaatgcacaagtggcttgagtagaagagctgctcctgctgggaggcgcaggaggctg -agcgaggcccaccctgcaggggcgaggccacggtttgtgttatttcccatgatgactcca -aa---------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------cgcac -ccgagtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcct-cgt -gtgcaggtcccccgggcctccgcgc---tgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctcc -gtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcct -ccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgc -ctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgc -gcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctccgtgtgcaggtcccccgggcctcc -gcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcct -ccgcgtctccgtgtgcaggtcccccgggcccctgcgtctctgtgtgcaggctcaagtttg -ccaacgtccatgcacgtctcagcctctcagcctggactggacaactgggcttcgggaatt -catttaaattctacccgctacacgccttccctggattcagggcggcgtccagtgcattca -t ->p:HG002_1_chr20:63028776-63029503 -caacaatgcacaagtggcttgagtagaagagctgctcctgctgggaggcgcaggaggctg -agcgaggcccaccctgcaggggcgaggccacggtttgtgttatttcccatgatgactcca -aa---------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------cgcac -ccga-------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ---------gtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcct -ccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgc -ctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgc -gcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctccgtgtgcaggtcccccgggcctcc -gcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcct -ccgcgtctccgtgtgcaggtcccccgggcccctgcgtctctgtgtgcaggctcaagtttg -ccaacgtccatgcacgtctcagcctctcagcctggactggacaactgggcttcgggaatt -catttaaattctacccgctacacgccttccctggattcagggcggcgtccagtgcattca -t ->p:HG002_2_chr20:63028776-63029503 -caacaatgcacaagtggcttgagtagaagagctgctcctgctgggaggcgcaggaggctg -agcgaggcccaccctgcaggggcgaggccacggtttgtgttatttcccatgatgactcca -aacgcacccgagtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcg -cctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcctctccgtgtgcaggtcccccgggcctccg -cgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctc -cgcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcc -tccgcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgtgtgtgcaggtcccccggg -cctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccg -ggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgtgtgtgcaggtcccc -cgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctccgtgtgcaggtcc -cccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgtgtgtgcaggt -cccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcag -gtcccccgggcctccgcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgc -aggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgt -gcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgtgt -gtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctcc -gtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcct -ccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgc -ctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgc -gcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctcc -gcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcct -ccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctctgcgtctctgtgtgcaggctcaagtttg -ccaacgtccatgcacgtctcagcctctcagcctggactggacaactcggcttcgggaatt -catttaaattctacccgctacacgccttccctggattcagggcggcgtccagtgaattca -t ->ref_chr20:63028776-63029503 -caacaatgcacaagtggcttgagtagaagagctgctcctgctgggaggcgcaggaggctg -agcgaggcccaccctgcaggggcgaggccacggtttgtgttatttcccatgatgactcca -aa---------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------cgcac -ccgagtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgt -gtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctcc -gtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcct -ccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgc -ctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgc -gcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgtctgtgtgtgcaggtcccccgggcctcc -gcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcctccgcgcctccgtgtgcaggtcccccgggcct -ccgcgtctccgtgtgcaggtcccccgggcctctgcgtctctgtgtgcaggctcaagtttg -ccaacgtccatgcacgtctcagcctctcagcctggactggacaactgggcttcgggaatt -catttaaattctacccgctacacgccttccctggattcagggcggcgtccagtgcattca -t diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_74ec35d892285c75e910123b5ee6b8e4.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_74ec35d892285c75e910123b5ee6b8e4.msa deleted file mode 100644 index 1b4d1a36..00000000 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_74ec35d892285c75e910123b5ee6b8e4.msa +++ /dev/null @@ -1,120 +0,0 @@ ->syndip_1_chr20:55627244-55628551 -gtatcagctatccactacatacttagaaatttggctaattatcataacataaattaacat -tttatggctgtgaaaagagaatagaaatggattttagaatgtcaagtatttatcactagt -atgtgttaatataaatagcttaataaaaatagggcatttatatgtatatatgtgggtgtt -catgtatatatttttatatgtatatatgtgggtgtgcatgtatacattaaatgatgaatt -tatatgtatatattaaatgtatatattatatgtatatattacatatatacatattgtata -ttacatatacataatacataaaatgtttaatacatacataatatatacataatataatat -tgtatattattaaattatacatgtatatatgtatac-----------atgtatacaaaat -atgtatataatatatacaaaaatatgtgtatttttgtacatatattgtacaaaaatatgt -atattatatatacaaaatatgtatataatatatacatatattatgtaatataatatatac -ataatgtgtattacatacattatatgtaatatatacatatattatata---atatatatg -tatatattatatacatatatattatatacatatatgtatatattatata----------- -------catatatgtatacattatatattatgtatacatatatgtatatatgtatacatt -atatattatgtatacatatatgtatatatgtatacattatatattatgtatacatatatg -tatatatgtatacattatatattatgtatacatatatgtatatatgtatacattatatat -tatgtatacatatatgtatatatgtatacattatatattatgtatacatatatgtatata -tgtatacattatatattatgtatacatatatgtata------------------------ ------------------------------------------------------------- -----------tatgtatacatgtatatacatatatacgtatacacatatatacgtg---- -----tatatacgtatatacacgtatatattaaatgataaatttatatgtatatatgcgtg -tgtgcacacacacacgagatatgttggttttgtgtaatgcaaccaaataaattaagtata -cataggagagagtcactgccctgactcttaaatgtaacccttattaaagaaaatatttta -gttcattttttatctatcaaccttttttatctatcaactctgaaatctgcaatcaatcat -atttggttat ->syndip_2_chr20:55627244-55628551 -gtatcagctatccactacatacttagaaatttggctaattatcataacataaattaacat -tttatggctgtgaaaagagaatagaaatggattttagaatgtcaagtatttatcactagt -atgtgttaatataaatagcttaataaaaatagggcatttatatgtatatatgtgggtgtt -catgtatatatttttatatgtatatatgtgggtgtgcatgtatacattaaatgatgaatt -tatatgtatatattaaatgtatatattatatgtatatattacatatatacatattgtata -ttacatatacataatacataaaatgtttaatacatacataatatatacataatataatat -tgtatattattaaattatacatgtatatatgtatac-----------atgtatacaaaat -atgtatataatatatacaaaaa-atgtgtatttttgtacatatattgtacaaaaatatgt -atattatatatacaaaatatgtatataatatatacatatattatgtaatataatatatac -gtaatgtgtattacatacattatatgtaatatatacatatatattatatacatatatatg -tatatattatatacatatatattatatacatatatgtatatattatatattatgtataca -catatgtatatatgtatatattatatattatgtatacacatatgtatatatgtatatatt -atatattatgtatacac--------atatgtatatattatatattatgtatacacatatg -tatatatgtatatattatatattatgtatacacatatgtatat--------attatatat -tatgtatacacatatgtatatatgtatatattatatattatgtatacacatatgtatat- --------attatatattatgtatacacatatgtatatattatatat-------------- ------------------------------------------------------------- -----------tatgtatacacgtatatacatatatacgtatacacgtatatacgta--ta -tacgtatatacgtatatacacgtatatattaaatgataaatttatatgtatatatgcgtg -tgtgcacacacacacgagatatgttggttttgtgtaatgcaaccaaataaattaagtata -cataggagagagtcactgccctgactcttaaatgtaacccttattaaagaaaatatttta -gttcattttttatctatcaaccttttttatctatcaactctgaaatctgcaatcaatcat -atttggttat ->p:HG002_1_chr20:55627244-55628551 -gtatcagctatccactacatacttagaaatttggctaattatcataacataaattaacat -tttatggctgtgaaaagagaatagaaatggattttagaatgtcaagtatttatcactagt -atgtgttaatataaatagcttaataaaaatagggcatttatatgtatatatgtgggtgtt -catgtatatatttttatatgtatatatgtgggtgtgcatgtatacattaaatgatgaatt -tatatgtatatattaaatgtatatattatatgtatatattacatatatacatattgtata -ttacatatacataatacataaaatgtttaatacatacataatatatacataatataatat -tgtatattattaaattatacatgtatatatgtatac-----------atgtatacaaaat -atgtatataatatatacaaaaa-atgtgtatttttgtacatatattgtacaaaaatatgt -atattatatatacaaaatatgtatataatatatacatatattatgtaatataatatatac -gtaatgtgtattacatacattatatgtaatatatacatatatattatatacatatatatg -tatatattatatacatatatattatatacatatatgtatatattatatattatgtataca -catatgtatatatgtatatattatatattatgtatacacatatgtatatatgtatatatt -atatattatgtatacac--------atatgtatatattatatattatgtatacacatatg -tatatatgtatatattatatattatgtatacacatatgtatat--------attatatat -tatgtatacacatatgtatatatgtatatattatatattatgtatacacatatgtatat- --------attatatattatgtatacacatatgtatatattatatat-------------- ------------------------------------------------------------- -----------tatgtatacacgtatatacatatatacgtatacacgtatatacgta--ta -tacgtatatacgtatatacacgtatatattaaatgataaatttatatgtatatatgcgtg -tgtgcacacacacacgagatatgttggttttgtgtaatgcaaccaaataaattaagtata -cataggagagagtcactgccctgactcttaaatgtaacccttattaaagaaaatatttta -gttcattttttatctatcaaccttttttatctatcaactctgaaatctgcaatcaatcat -atttggttat ->p:HG002_2_chr20:55627244-55628551 -gtatcagctatccactacatacttagaaatttggctaattatcataacataaattaacat -tttatggctgtgaaaagagaatagaaatggattttagaatgtcaagtatttatcactagt -atgtgttaatataaatagcttaataaaaatagggcatttatatgtatatatgtgggtgtt -catgtatatatttttatatgtatatatgtgggtgtgcatgtatacattaaatgatgaatt -tatatgtatatattaaatgtatatattatatgtatatattacatatatacatattgtata -ttacatatacataatacataaaatgtttaatacatacataatatatacataatataatat -tgtatattattaaattatacatgtatatatgtatactatatgtatatatgtatacaaaat -atgtatataatatatacaaaaatatgtgtatttttgtacatatattgtacaaaaatatgt -atattatatatacaaaatatgtatataatatatacatatattatgtaatataatatatac -ataatgtgtattacatacattatatgtaatatatacatatattatata---atatatatg -tatatattatatacatatatattatatacatatatgtatatattatata----------- -------catatatgtatacattatatattatgtatacatatatgtatatatgtatacatt -atatattatgtatacatatatgtatatatgtatacattatatattatgtatacatatatg -tatatatgtatacattatatattatgtatacatatatgtatatatgtatacattatatat -tatgtatacatatatgtatatatgtatacattatatattatgtatacatatatgtatata -tgtatacattatatattatgtatacatatatgtata------------------------ ------------------------------------------------------------- -----------tatgtatacatgtatatacatatatacgtatacacatatatacgtg---- -----tatatacgtatatacacgtatatattaaatgataaatttatatgtatatatgcgtg -tgtgcacacacacacgagatatgttggttttgtgtaatgcaaccaaataaattaagtata -cataggagagagtcactgccctgagtcttaaatgtaacccttattaaagaaaatatttta -gttcattttttatctatcaaccttttttatctatcaactctgaaatctgcaatcaatcat -atttggttat ->ref_chr20:55627244-55628551 -gtatcagctatccactacatacttagaaatttggctaattatcataacataaattaacat -tttatggctgtgaaaagagaatagaaatggattttagaatgtcaagtatttatcactagt -atgtgttaatataaatagcttaataaaaatagggcatttatatgtatatatgtgggtgtt -catgtatatatttttatatgtatatatgtgggtgtgcatgtatacattaaatgatgaatt -tatatgtatatattaaatgtatatattatatgtatatattacatatatacatattgtata -ttacatatacataatacataaaatgtttaatacatacataatatatacataatataatat -tgtatattattaaattatacatgtatatatgtatac-----------atgtatacaaaat -atgtatataatatatacaaaaa-atgtgtatttttgtacatatattgtacaaaaatatgt -atattatatatacaaaatatgtatataatatatacatatattatgtaatataatatatac -ataatgtgtattacatacattatatgtaatatatacatatatattatatacatatatat- -tatata-catatatgtatatattatatacatatatgtatatattatatattatgtataca -catatgtatatatgtatatattatatattatgtatacacatatgtatatatgtatatatt -atatattatgtatacacatatgtatatatgtatatattatatattatgtatacacatatg -tatatatgtatatattatatattatgtatacatatatgtatatatgtatatattatatat -tatgtatacatatatgtatatatgtatatattatatattatgtatacatatatgtatat- --------attatatattatgtatacatatatgtatatattatatattatgtatacatata -tgtatatattatatattatgtatacatatatgtatatattatatattatgtatacatata -tgtatatatgtatgtatacatgtatatacatatatacgtatacacatatatacgtgtata -tacatatatacgtatatacacgtatatattaaatgataaatttatatgtatatatgcgtg -tgtgcacacacacacgagatatgttggttttgtgtaatgcaaccaaataaattaagtata -cataggagagagtcactgccctgactcttaaatgtaacccttattaaagaaaatatttta -gttcattttttatctatcaaccttttttatctatcaactctgaaatctgcaatcaatcat -atttggttat diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_2ad6d5e80b30a1cebe34e993b5700918.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_751763f0a26e66cde66421e24b5f03e2.msa similarity index 85% rename from repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_2ad6d5e80b30a1cebe34e993b5700918.msa rename to repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_751763f0a26e66cde66421e24b5f03e2.msa index 926221e5..2be47406 100644 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_2ad6d5e80b30a1cebe34e993b5700918.msa +++ b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_751763f0a26e66cde66421e24b5f03e2.msa @@ -2,8 +2,8 @@ ctctgctgctggggtgtactcgatgtcctggctcgactgacacagtcctgatcttgccag ttggtgtctgtggacctgtgttttggcatggacaggcacaaggctaaggaggtcagcatg cagcaggaggcaaactgtgaagtacctctctggc-------------------------- ------------------------------------------------------------- -------------------------------ctggcctttgtgaattaccacagtgcgggg +--------------------------------ctggcctttgtgaattaccacagtgc-- +--------------------------------------------------------gggg tccacccaggaaactgtgaagtacctctctgggcgttgtgaattaccacagttaggggtt tacccaggaaactgtgaagtatctctctggcctttgtgaatcaccacagttaggggtcta tgcaggagtactggtcattcacagactcagctcattccaggccttagcagtgtgcacctc @@ -12,9 +12,9 @@ ggaggagac >syndip_2_chr20:24681888-24682378 ctctgctgctggggtgtactcgatgtcctggctcgactgacacagtcctgatcttgccag ttggtgtctgtggacctgtgttttggcatggacaggcacaaggctaaggaggtcagcatg -cagcaggaggcaaactgtgaagtacctctctggc-------------------------- ---------------------------------ctggcctttgtgaattaccacagtcagg -ggtccacccaggaaactgtgaagtacctctgtggcctttgtgaattaccacagtcagggg +cagcaggaggcaaactgtgaagtacctctctggcctggcctttgtgaattaccacagtca +ggggtctacccaggaaactgtgaagtacctctctggcctttgtgaattaccacagtcagg +ggtccacccaggaaactgtgaagtacctctctggcctttgtgaattaccacagtcagggg tccacccaggaaactgtgaagtacctctctgggcgttgtgaattaccacagttaggggtt tacccaggaaactgtgaagtatctctctggcctttgtgaatcaccacagttaggggtcta tgcaggagtactggtcattcacagactcagctcattccaggccttagcagtgtgcacctc @@ -24,7 +24,7 @@ ggaggagac ctctgctgctggggtgtactcgatgtcctggctcgactgacacagtcctgatcttgccag ttggtgtctgtggacctgtgttttggcatggacaggcacaaggctaaggaggtcagcatg cagcaggaggcaaactgtgaagtacctctctggcctggcctttgtgaattaccacagtca -ggggtctacccaggaaactgtgaagtacctctctggcctttgtgaattaccacagtcagg +ggggtccacccaggaaactgtgaagtacctctctggcctttgtgaattaccacagtcagg ggtccacccaggaaactgtgaagtacctctctggcctttgtgaattaccacagtcagggg tccacccaggaaactgtgaagtacctctctgggcgttgtgaattaccacagttaggggtt tacccaggaaactgtgaagtatctctctggcctttgtgaatcaccacagttaggggtcta @@ -35,8 +35,8 @@ ggaggagac ctctgctgctggggtgtactcgatgtcctggctcgactgacacagtcctgatcttgccag ttggtgtctgtggacctgtgttttggcatggacaggcacaaggctaaggaggtcagcatg cagcaggaggcaaactgtgaagtacctctctggc-------------------------- ------------------------------------------------------------- -------------------------------ctggcctttgtgaattaccacagtgcgggg +--------------------------------ctggcctttgtgaattaccacagtgc-- +--------------------------------------------------------gggg tccacccaggaaactgtgaagtacctctctgggcgttgtgaattaccacagttaggggtt tacccaggaaactgtgaagtatctctctggcctttgtgaatcaccacagttaggggtcta tgcaggagtactggtcattcacagactcagctcattccaggccttagcagtgtgcacctc diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_7ef060f5be4ce0075857e188d7852082.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_7ef060f5be4ce0075857e188d7852082.msa deleted file mode 100644 index bfe7a627..00000000 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_7ef060f5be4ce0075857e188d7852082.msa +++ /dev/null @@ -1,4375 +0,0 @@ ->HG002_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG005_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00096_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00171_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00438_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatat-attataatatataattatataatatataattata-tattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt -atatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatatataataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatatattata--- -----tattatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata--ta -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00512_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatat-attataatatataattatataatatataattata-tattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt -atatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatatataataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata--ta -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00513_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00514_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00621_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00673_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00731_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00732_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00733_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00735_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG00741_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00864_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattatatataattatatataat -tatatataatataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtata -tataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG01071_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattata-tattataat -aatataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01106_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01109_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatat-attataatatataattatataatatataattata-tattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt -atatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatatataataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata--ta -ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataatta -tatatatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01114_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01123_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01175_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatat-attataatatataattatataatatataattata-tattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt -atatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatatataataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatattatata--- -------atatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata--ta -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01243_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01258_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01358_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat---------------------------tatataatatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtggagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG01361_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01505_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG01596_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01891_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01928_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01952_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --aaataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG01978_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02011_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02055_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat -attaatatataattatattatatattatatattaatatataattatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02080_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG02109_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02145_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -atatataataaaattatatataattatatata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02148_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02257_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattata--atataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat---------------------------tatataatatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG02486_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -aaaattatatat---------------------------tatataatatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat------------------------------------tatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG02492_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatata----atatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02559_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattata-tattataat -aatataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02572_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatatattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatat--tatatattatatat--------- -tatatattatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02587_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02622_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02630_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata------------------------------ ------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------taatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02717_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata----atat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatata---------atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02723_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ ---------------------------------------------------ttaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG02818_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02886_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattata--atataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat---------------------------tatataatatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG03009_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatat-attataatatataattatataatatataattata-tattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt -atatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatatataataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata--ta -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03065_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattata-tattataat -aatataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03098_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatatatataatatataattatatt----------- -------------------------------------------atatattatatattaata -tataattatattatatattatatataatatataattatattatatatta-tatataatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatat-aatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -g--------------------tatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatat-attataatatataattat-------------------------- --atataattatatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatattatatata--atatat ------tatatatataatata----------------------------tat--------- ----atattatataatatatataaat------------------------tatatatatta -tat-attatataatatata---------atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tatatattatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatata--------ttat----------------- --------------ataatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -----tatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcagctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG03125_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatatatataatatataattatatt----------- -------------------------------------------atatattatatattaata -tataattatattatatattatatataatatataattatattatatatta-tatataatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatat-aatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -g--------------------tatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatat-attataatatataattat-------------------------- --atataattatatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatattatatata--atatat ------tatatatataatata----------------------------tat--------- ----atattatataatatatataaat------------------------tatatatatta -tat-attatataatatata---------atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tatatattatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatata--------ttat----------------- --------------ataatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -----tatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcagctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG03371_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata----atat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatata---------atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03453_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattattt-attataatatataattatataatatataattata-ttatataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt -atatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatatataataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03486_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattattt-attataatatataattatataatatataattata-ttatataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt -atatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatatataataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03492_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG03516_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03540_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattata-tattataat -aatataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03579_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattata-tattataat -aatataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03683_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG03732_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--at--at -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA12329_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->NA12878_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat---------------------------tatataatatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtggagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->NA18534_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA18906_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatatattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--ta---------tatatattatatat--------- -tatatattatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA18939_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA19238_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA19239_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatatt----------- -------------------------------------------atatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatatattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatat--tatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA19240_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata----atat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatata---------atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA19650_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatat-tatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA19983_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA20129_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-aatatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA20509_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattata-tatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataatatatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctc-gctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA20847_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA21309_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatatt----------- -------------------------------------------atatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatatattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatat--tatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA24385_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->PGP1_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattat-ttattataat------------------------------------ --aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->ei:HG00733_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->ei:HG02818_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->ei:HG03486_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattattt-attataatatataattatataatatataattata-ttatataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt -atatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatatataataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->ei:NA19240_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->li:HG00733_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->li:NA12878_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->li:NA24385_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG002_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG005_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatgcatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00096_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00171_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00438_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00512_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatatattattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00513_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00514_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00621_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00673_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatat-attataatatataattatataatatataattata-tattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt -atatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatatataataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatatattata--- -----tattatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata--ta -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00731_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00732_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00733_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00735_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataattataatatataattgtatattatatattatataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataattt -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtata -tataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG00741_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG00864_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01071_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01106_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattata-tattataat -aatataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01109_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatatatataatatataattatatt----------- -------------------------------------------atatattatatattaata -tataattatattatatattatatataatatataattatattatatatta-tatataatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatat-aatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -g--------------------tatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatat-attataatatataattat-------------------------- --atataattatatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatattatatata--atatat ------tatatatataatata----------------------------tat--------- ----atattatataatatatataaat------------------------tatatatatta -tat-attatataatatata---------atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tatatattatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatata--------ttat----------------- --------------ataatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -----tatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcagctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG01114_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatatt----------- -------------------------------------------atatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatatattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatat--tatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01123_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01175_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG01243_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01258_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata-------------------------------------taatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat---------------------------tatataatatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ ---------------------------------------------------ttaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtggagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG01358_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --aaataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG01361_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01505_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01596_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01891_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattattt-attataatatataattatataatatataattata-ttatataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt -atatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatatataataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01928_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG01952_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG01978_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatataattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat---------------------------tatataatatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtggagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG02011_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG02055_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatattatatattatat -attaatatataattatattatatattatatattaatatataattatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02080_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02109_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattattt-attataatatataattatataatatataattata-ttatataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt -atatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatatataataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-at---------tataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02145_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02148_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG02257_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02486_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatatat------taatatataattatattatat-------attaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattata-attatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa-----------------------------tat-atatat -ataattatatat---------------------------tatataatatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG02492_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02559_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatat-attataatatataattatataatatataattata-tattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt -atatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatatataataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatattatata--- -------atatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata--ta -ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataatta -tatatatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02572_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattattt-attataatatataattatataatatataattata-ttatataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt -atatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatatataataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02587_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02622_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatatatataatatataattatatt----------- -------------------------------------------atatattatatattaata -tataattatattatatattatatataatatataattatattatatattattatataatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatat-aatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -g--------------------tatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatat-attataatatataattat-------------------------- --atataattatatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatattatatata--atatat ------tatatatataatata----------------------------tat--------- ----atattatataatatatataaat------------------------tatatatatta -tat-attatataatatata---------atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tatatattatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatata--------ttat----------------- --------------ataatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -----tatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcagctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG02630_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattata-tattataat -aatataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02717_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata----atat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatata---------atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02723_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatataaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -g--tatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattattt-attataatatataattatataatatataattata-ttatataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt -atatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatatataataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG02818_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattata--atataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat---------------------------tatataatatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG02886_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat ---aattatatat---------------------------tatataatatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat------------------------------------tatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG03009_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaat-------------------------atatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataatta--------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG03065_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatatatataatatataattatatt----------- -------------------------------------------atatattatatattaata -tataattatattatatattatatataatatataattatattatatatta-tatataatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatat-aatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -g--------------------tatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatat-attataatatataattat-------------------------- --atataattatatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatattatatata--atatat ------tatatatataatata----------------------------tat--------- ----atattatataatatatataaat------------------------tatatatatta -tat-attatataatatata---------atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tatatattatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatata--------ttat----------------- --------------ataatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -----tatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcagctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG03098_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataat------------------------------------------------------ -------------tatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattata--atataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaat-------------------------atatat-atatat -ataattatatat---------------------------tatataatatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG03125_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatatatataatatataattatatt----------- -------------------------------------------atatattatatattaata -tataattatattatatattatatataatatataattatattatatatta-tatataatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatat-aatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -g--------------------tatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatat-attataatatataattat-------------------------- --atataattatatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatattatatata--atatat ------tatatatataatata----------------------------tat--------- ----atattatataatatatataaat------------------------tatatatatta -tat-attatataatatata---------atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tatatattatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatata--------ttat----------------- --------------ataatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -----tatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcagctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->HG03371_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03453_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03486_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata----atat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatata---------atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03492_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03516_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03540_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03579_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03683_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatata---------------atatatataaat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatat-attataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->HG03732_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatat-attataatatataattatataatatataattata-tattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatatt -atatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatatataataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatatattata--- -----tattatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata--ta -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA12329_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa-----------------------------tat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->NA12878_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA18534_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA18906_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattata--atataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->NA18939_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA19238_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA19239_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata----atat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatata---------atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA19240_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA19650_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gt-tatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA19983_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataattatatt----------- -------------------------------------------atatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatatattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatat--tatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA20129_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatattaatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataatatataattatataatatataattatattattataat --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tat--tatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat---------------------------------------------- -------------------------tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA20509_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->NA20847_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataat--tatatataattaattataattaactatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat----------------------------------tatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->NA21309_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->NA24385_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->PGP1_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->ei:HG00733_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->ei:HG02818_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattata--atataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat---------------------------tatataatatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatattaatatataattgtatatataattatatatata------------------ -----------------ttaatatataattgtatatataattatatatatattaatatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->ei:HG03486_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata----atat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatata---------atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->ei:NA19240_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata----atat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatat--------- -tatataatatataatatacataatt------------------------tatatatattg -tat-attatataatatata---------atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattatatataataaaattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->li:HG00733_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --aaataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->li:NA12878_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatattaata -tataattatattatata------------------------------------ttaatat -ataattatattatatattatatat-aatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaa---------------------------tatat-atatat -ataattatatat---------------------------tatataatatataatatataa -tatataatatataatatatataat-----------------------------tataata -tataattgtatattatatattatata--atatataatatatataattataatatataatt -gtatat----------------------tata-attatataatatataattataatatac -aattatatattatataatatataattgtata--ttataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtatatata -tta----------------------------------atatataattgtatatataatta -tatatatatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataattatatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtggagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcacgccattctc -ctgcctc ->li:NA24385_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->syndip_1_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->syndip_2_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- ------------------------------------------------------------- --------------------tatattaatatataattatattatatattatatataaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtattatataattttatatat -gtatatatatgtttatatatgtatatataattatatatgtattataatgtattatataat -tgtataatataatatataataatataatatataattatttattataatatataattatat -aatatataattatattattataat------------------------------------ --atataat--tatatataattatatatataattaattataattaattatatttatatat- --tatatataattatatgtaaatataat-tatatatattatatataatatata--ataaat -ataattatatatataatata-tattatatatatattatatatattatatatattatatat -tatataatatataatatacataatt--------------------------tatatatag -tat-attatataatatataatatataatatatataatatatataattataata------- -----------------------------tata-attatatataataaaattat------- ----------------------------------atataattat----------------- ---------atataattatatat-attatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------t----------- ------------------------atatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc ->ref_chr1:600-1000 -ctcccagctaatttatatatataatatata--taatatataat----------------- --------------------------------------------tatattatatatta--- --------------tata------------------------------------tt----- --------------------------aatatataattatattatatattatatattaatat -ataatgtattatacatatataattatataaattatgtatgtat----------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------tatataattatatataatataattatatataattgtata---- ------------------------------------------------------------- -------tatta------------------------------------------------- ------------------------------------------------------atatata -attgtatatataat----------------------------------tatatatatatt -aatatataattgtatatataat--tatatatattaatatataattgtatatataattata -tatataatatatacatatatattttttcgagaaagagtctttctctgtcacccacgctgg -agtgcagtggcacaatctcggctcactgcaagctccacctcccaggttcatgccattctc -ctgcctc diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_84a1c1351a542ad59ab6ccc849bfbff0.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_84a1c1351a542ad59ab6ccc849bfbff0.msa deleted file mode 100644 index 184ab309..00000000 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_84a1c1351a542ad59ab6ccc849bfbff0.msa +++ /dev/null @@ -1,60 +0,0 @@ ->syndip_1_chr20:62360310-62360703 -gtaggggggtgggtgggtggatggatgggtaggggtgggtgggtggatacgttgggggtg -ggtgggtgggtgggtcagcaggcagagggatgggataggataggtgggtgggtgggtgga -tagggagggggtggggtgggtgcataggtaggggggtggatgggtcagcaggcagcggga -tgggataggataggtgggtgggtggagggatagatgggtgg-tgggtgggtggagggata -gatgggtgggtgggtgggtagaaggataggtaggtgggtgggtgggtggatggataggtg -gatgggtgggtggaggaatagatgggtgggtgggtgggtgggtggatggataggtgggtg -ggtgggtggagggatagatgggtgggtgggtgggtggagggatagatgggtggtgggtgg -gtggagggatagatgggtggatgggtgggtagaaggataggtaggtgggtgggtgggtgg -atggataggtgggtgggtgggtggaggaatagatgggtgggtggatgggtgggtggaggg -atagatgggtgggtgggtgggtggagggatagatgggtgggtgggtggagggaccacttc -ccaggtggagtgga ->syndip_2_chr20:62360310-62360703 -gtaggggggtgggtgggtggatggatgggtaggggtgggtgggtggatacgttgggggtg -ggtgggtgggtgggtcagcaggcagagggatgggataggataggtgggtgggtggaggga -tagatgggt---------ggtgggtgggtggagggataga-------------------- ---------------tgggtgggtggagggatagatgggtggatgggtgggtagaaggata -ggtaggtgggtgggtgggtggatggatagg----------------------------tg -gatgggtgggtggaggaatagatgggtgggtgggtgggtgggtggatggataggtgggtg -ggtgggtggaggaatagatgggtgggtg-----------------------gatgggtgg -gtggagggatagatgggtgggtgggtgggtggagggatagatgggtgggtgggtggaggg -a----------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------ccacttc -ccaggtggagtgga ->p:HG002_1_chr20:62360310-62360703 -gtaggggggtgggtgggtggatggatgggtaggggtgggtgggtggatacgttgggggtg -ggtgggtgggtgggtcagcaggcagagggatgggataggataggtgggtgggtggaggga -tgggtg------------agtgggtgggtggagggatagatgggt--------------- -------------ggtgggtgggtggagggatagatgggtgg-tgggtgggtggagggata -gatgggtgggtgggtgggtggagggatagatggaggaa--------------------gt -ggtgggtgggtggagggatagatgggtggatgggtgggtagaaggataggtaggtggg-- -------------------tgggtgggtg-----------------------gatgggtgg -gtggagggatagatgggtgggtgggtgggtggagggatagatgggtgggtgggtggaggg -a----------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------ccacttc -ccaggtggagtgga ->p:HG002_2_chr20:62360310-62360703 -gtaggggggtgggtgggtggatggatgggtaggggtgggtgggtggatacgttgggggtg -ggtgggtgggtgggtcagcaggcagagggatgggataggataggtgggtgggtggaggga -tgggtg------------agtgggtgggtggagggatagatgggt--------------- -------------ggtgggtgggtggagggatagatgggtgg-tgggtgggtggagggata -gatgggtgggtgggtgggtggagggatagatgg-------------------------gt -ggtgggtgggtggagggatagatgggtggatgggtgggtagaaggataggtaggtggg-- -------------------tgggtgggtg-----------------------gatgggtgg -gtggagggatagatgggtgggtgggtgggtggagggatagatgggtgggtgggtggaggg -a----------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------ccacttc -ccaggtggagtgga ->ref_chr20:62360310-62360703 -gtaggggggtgggtgggtggatggatgggtaggggtgggtgggtggatacgttgggggtg -ggtgggtgggtgggtcagcaggcagagggatgggataggataggtgggtgggtggaggga -tgggtg------------agtgggtgggtggagggatagatgggt--------------- -------------ggtgggtgggtggagggatagatgggtgg-tgggtgggtggagggata -gatgggtgggtgggtgggtggagggatagatgg-------------------------gt -ggtgggtgggtggagggatagatgggtggatgggtgggtagaaggataggtaggtggg-- -------------------tgggtgggtg-----------------------gatgggtgg -gtggagggatagatgggtgggtgggtgggtggagggatagatgggtgggtgggtggaggg -a----------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------ccacttc -ccaggtggagtgga diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_d342db009b70a5841aa5b850478f78c4.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_a6937b7b4931c9433881ec8a54af98fd.msa similarity index 96% rename from repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_d342db009b70a5841aa5b850478f78c4.msa rename to repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_a6937b7b4931c9433881ec8a54af98fd.msa index 69f73d0a..a8f660dc 100644 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_d342db009b70a5841aa5b850478f78c4.msa +++ b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_a6937b7b4931c9433881ec8a54af98fd.msa @@ -1,7 +1,7 @@ >syndip_1_chr20:7720811-7721104 tcacacatttaagatacaattcctttccccaccccaactctccaggtttcctgaattaat tggaaggaaactgttatatttccttaattcctgaagtgggagttaaatctaaatctaaca -aatgac--ttttctttttctttt---------------tttttttttttgggatggagtt +aatgacattttctttttcttttcttttctttctttttttttttttttttgggatggagtt ccactcttgttgcccaggctggacaggctggaatacaatggcgtgatcttggctctctgc aacctccgactcccaggttcaagtgattctcctgcctcagcctcccaactagct >syndip_2_chr20:7720811-7721104 diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_b1f9512148e344cd8be442d0b872be80.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_b1f9512148e344cd8be442d0b872be80.msa new file mode 100644 index 00000000..359a8d58 --- /dev/null +++ b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_b1f9512148e344cd8be442d0b872be80.msa @@ -0,0 +1,355 @@ +>syndip_1_chr20:64173309-64176630 +cagaggtgggctgttggacaggtgcggctgatagagtgggtgtcttttgtgggcttctcc +ccagcctgtggcctggcctagtcagtagagatggtcaggggagcaggagggagcccatac +cccagtgcctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatccttc +cctttagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttcctagttg +tgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttccttgtagttgtgtccat +ttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccc +tgacttctcctcctgcagcatccttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttc +tcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcct +gcagcatctttccttgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcat +ctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgt +agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcc +atttcccctccctggctt------------------------------------------ +--------------ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg +gcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg +cagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatcttt +ccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagtt +gtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccattt +cccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg +gcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg +tagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc- +--tagttgtgtccatttcccctccctggctt----------------------------- +---------------------ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttccc +ctccctggcttctcctgtagcaactttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttct +cctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctt +tccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagt +tgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatt +tcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc--------------------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgt +gtccattccccctccctggctt---ctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccatt +tcccctccctggcttctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggc +ttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagca +tctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc---tag +ttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccat +ttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccc +tggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcc +tgtagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatct +ttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtag +ttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccat +ttcccctccctggcgtctcctcctgcagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccct +ccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttc +tcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctcct +gcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcat +ctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccc +tgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagtt +gtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcca +tttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctcc +ctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctc +ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatc +tttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccct +gtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttg +tgtccatttcccctccctggcttctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccc +tccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctc +ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatc +tttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgta +gttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcca +tttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgttcatttcccctcc +ctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctc +ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatc +tttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgg---cttctcctgcagcatctttccct +gtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgt +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +-------------------ccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctg +tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcttctagcatctttcctgctccctgg +tagcctcttgggagccacctatttctggaggtccccactctgggttccttgtcctgggtg +tggggcgaatgtgctggactggggtcacagcattgaaccccacttggagctgagga +>syndip_2_chr20:64173309-64176630 +cagaggtgggctgttggacaggtgcggctgatagagtgggtgtcttttgtgggcttctcc +ccagcctgtggcctggcctagtcagtagagatggtcaggggagcaggagggagcccatac +cccagtgcctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatccttc +cctttagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttcctagttg +tgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttccttgtagttgtgtccat +ttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccc +tgacttctcctcctgcagcatccttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttc +tcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcct +gcagcatctttccttgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcat +ctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgt +agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcc +atttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttccc +ctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg +gcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg +cagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatcttt +ccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagtt +gtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc------------------ +------------------------------------------------------------ +-------------------------tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg +tagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccc +tgtagttgtgtccatttcccctccctggctt----------------------------- +---------------------ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttccc +ctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttct +cctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctt +tccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagt +tgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatt +tcccctccctggcttctcctacagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccct +ggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgta +gcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgg------cttctgcagcatctt +tccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgt +gtccatttcccctccctggctt---ctcctgtagcatctttcc----------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +-----------------------------------------------tagttgtgtccat +ttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccc +tggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcc +tgtagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatct +ttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtag +ttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccat +ttcccctccctggcgtctcctcctgcagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccct +ccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttc +tcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctc----- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +-------ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctc +ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatc +tttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgg---cttctcctgcagcatctttccct +gtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgt +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +-------------------ccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctg +tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcttctagcatctttcctgctccctgg +tagcctcttgggagccacctatttctggaggtccccactctgggttccttgtcctgggtg +tggggcgaatgtgctggactggggtcacagcattgaaccccacttggagctgagga +>p:HG002_1_chr20:64173309-64176630 +cagaggtgggctgttggacaggtgcggctgatagagtgggtgtcttttgtgggcttctcc +ccagcctgtggcctggcctagtcagtagagatggtcaggggagcaggagggagcccatac +cccagtgcctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatccttc +cctttagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttcctagttg +tgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttccttgtagttgtgtccat +ttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccc +tgacttctcctcctgcagcatccttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttc +tcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcct +gcagcatctttccttgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcat +ctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgt +agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcc +atttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttccc +ctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg +gcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg +cagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatcttt +ccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagtt +gtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc------------------ +------------------------------------------------------------ +-------------------------tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg +tagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccc +tgtagttgtgtccatttcccctccctggctt----------------------------- +---------------------ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttccc +ctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttct +cctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctt +tccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagt +tgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatt +tcccctccctggcttctcctacagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccct +ggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgta +gcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgg------cttctgcagcatctt +tccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgt +gtccatttcccctccctggctt---ctcctgtagcatctttcc----------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +-----------------------------------------------tagttgtgtccat +ttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccc +tggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcc +tgtagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatct +ttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtag +ttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccat +ttcccctccctggcgtctcctcctgcagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccct +ccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttc +tcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctc----- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +-------ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctc +ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatc +tttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgg---cttctcctgcagcatctttccct +gtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgt +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +-------------------ccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctg +tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcttctagcatctttcctgctccctgg +tagcctcttgggagccacctatttctggaggtccccactctgggttccttgtcctgggtg +tggggcgaatgtgctggactggggtcacagcattgaaccccacttggagctgagga +>p:HG002_2_chr20:64173309-64176630 +cagaggtgggctgttggacaggtgcggctgatagagtgggtgtcttttgtgggcttctcc +ccagcctgtggcctggcctagtcagtagagatggtcaggggagcaggagggagcccatac +cccagtgcctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatccttc +cctttagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttcctagttg +tgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttccttgtagttgtgtccat +ttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccc +tgacttctcctcctgcagcatccttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttc +tcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcct +gcagcatctttccttgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcat +ctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgt +agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcc +atttcccctccctggctt------------------------------------------ +--------------ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg +gcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg +cagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatcttt +ccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagtt +gtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccattt +cccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg +gcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg +tagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc- +--tagttgtgtccatttcccctccctggctt----------------------------- +---------------------ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttccc +ctccctggcttctcctgtagcaactttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttct +cctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctt +tccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagt +tgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatt +tcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc--------------------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgt +gtccattccccctccctggctt---ctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccatt +tcccctccctggcttctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggc +ttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagca +tctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc---tag +ttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccat +ttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccc +tggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcc +tgtagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatct +ttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtag +ttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccat +ttcccctccctggcgtctcctcctgcagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccct +ccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttc +tcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctcct +gcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcat +ctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccc +tgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagtt +gtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcca +tttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctcc +ctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctc +ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatc +tttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccct +gtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttg +tgtccatttcccctccctggcttctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccc +tccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctc +ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatc +tttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgta +gttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcca +tttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgttcatttcccctcc +ctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctc +ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatc +tttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgg---cttctcctgcagcatctttccct +gtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgt +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +-------------------ccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctg +tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcttctagcatctttcctgctccctgg +tagcctcttgggagccacctatttctggaggtccccactctgggttccttgtcctgggtg +tggggcgaatgtgctggactggggtcacagcattgaaccccacttggagctgagga +>ref_chr20:64173309-64176630 +cagaggtgggctgttggacaggtgcggctgatagagtgggtgtcttttgtgggcttctcc +ccagcctgtggcctggcctagtcagtagagatggtcaggggagcaggagggagcccatac +cccagtgcctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatccttc +cctt--------------------------------------------------tagttg +tgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatccttccctttagttgtgtccat +ttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccc +tgacttctcctcctgcag------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +----catctttccttgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcat +ctttccttgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctc------------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------------ctcctgcagcatccttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg +gcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg +cagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatcttt +ccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctg----- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +-------------------------tagttgtgtccattccccctccctggcttctcctg +tagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccc +tgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtcc +atttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccattcccc +ctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttct +cctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctt +tccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagt +tgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatt +tcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccct +gacttctc--------------------------------------------ctcctgca +gcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcgtctcctcctgcagcatctt +tccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgt +gtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttcc----------------- +------------------------------ctgtagttgtgtccattccccctccctggc +ttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagca +tctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtag +ttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccat +ttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccc +tggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcc +tgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatct +ttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtag +ttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccat +tccccctccctggcgtctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccattccccct +ccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggctt- +--ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctc---ct +gtagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggctt---ctcctgcagcat +ctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggctt---ctcctgtagcatctttccc +tgtagttgtgtccattccccctccctgacttctcctcctgcagcatctttccctgtagtt +gtgtccatttcccctccctggcgtctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcca +tttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc------------------------- +------------------------------------------------------------ +------------------------------------------------------------ +--------tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccct +gtagttgtgtccattc-------------------------------------------- +--------------------------------------------------------cccc +tccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctc +ctgtagcatctttcc--------------------------------------------- +--------tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgta +gttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcca +tttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctcc +ctggcttctcctgcagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggcttctc +ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatc +tttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcgtctcctcctgcagcatctttccct +gtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgt +ccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccattccccc +tccctggcgtctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgg +cttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcc +tcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagca +tctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctg +tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcttctagcatctttcctgctccctgg +tagcctcttgggagccacctatttctggaggtccccactctgggttccttgtcctgggtg +tggggcgaatgtgctggactggggtcacagcattgaaccccacttggagctgagga diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_b778319de388d363fb74713d18656b39.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_b778319de388d363fb74713d18656b39.msa deleted file mode 100644 index bbe6d2b6..00000000 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_b778319de388d363fb74713d18656b39.msa +++ /dev/null @@ -1,365 +0,0 @@ ->syndip_1_chr20:64173309-64176630 -cagaggtgggctgttggacaggtgcggctgatagagtgggtgtcttttgtgggcttctcc -ccagcctgtggcctggcctagtcagtagagatggtcaggggagcaggagggagcccatac -cccagtgcctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatccttc -cctttagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttcctagttg -tgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttccttgtagttgtgtccat -ttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccc -tgacttctcctcctgcagcatccttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttc -tcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcct -gcagcatctttccttgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcat -ctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgt -agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcc -atttcccctccctggctt---ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttccc -ctccctggctt---ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg -gcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg -cagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatcttt -ccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagtt -gtgtccatttcccctccctggcttctcctg------------------------------ ---------------------cagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg -gctt---ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctc -ctgtagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatc -tttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagtt -gtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcaactttcc---tagttgtgtccattt -cccctccctggcttctcctgtagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctg -gcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggctt---ctc -ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcgtctcctcctgcagc -atctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc-- --tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtcca -ttccccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctcc -ctggcttctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg -tagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcct -agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatt -tcccctccctggcttctcctgcagcatctttccc-------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- --tgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgt -gtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcc -cctccctgg--------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ----------------------------------------------cttctcctgtagcat -ctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgt -agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcc -atttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctc -cctggcgtctcctcctgcagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttct -cctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcag -catctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctcctgcagcatcttt -ccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgta -gttgtgtccattccccctccctggcttctcctcctgtagcatctttccctgtagttgtgt -ccattccccctccctgacttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttc -ccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccc -tggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcc -tgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatct -ttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtag -ttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtc -cattccccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcc -cctccctggctt------------------------------------------------ ------ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgta -gcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctg -tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtc -catttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccct -ccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttc -tcctgtagcatctttccctgtagttgtgttcatttcccctccctggcttctcctgcagca -tctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggctt--------------------- ---------------------------------ctcctgcagcatctttccctgtagttgt -gtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcc -cctccctggctt------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------- ----------------------------------------------------ctcctgcag -catctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccc -tgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtg -tccatttcccctccctggcttctcctcttctagcatctttcctgctccctggtagcctct -tgggagccacctatttctggaggtccccactctgggttccttgtcctgggtgtggggcga -atgtgctggactggggtcacagcattgaaccccacttggagctgagga ->syndip_2_chr20:64173309-64176630 -cagaggtgggctgttggacaggtgcggctgatagagtgggtgtcttttgtgggcttctcc -ccagcctgtggcctggcctagtcagtagagatggtcaggggagcaggagggagcccatac -cccagtgcctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatccttc -cctttagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttcctagttg -tgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttccttgtagttgtgtccat -ttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccc -tgacttctcctcctgcagcatccttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttc -tcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcct -gcagcatctttccttgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcat -ctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgt -agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcc -atttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttccc -ctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg -gcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg -cagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatcttt -ccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagtt -gtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc---tagttgtgtccattt -cccctccctggcttctcctgtagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctg -gctt---ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctc -ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatc -tttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc---tagtt -gtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccattt -cccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg -gcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggctt---ctc -ctacagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgg---cttctcctgtagc -atctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccct -gtagttgtgtccatttcccctccctgg--------------------------------- ------------------------------------------------------------- -----cttctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg -tagcatctttcc-----------------------------------------------t -agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatt -tcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccct -ggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcct -gtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttcc -ctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgt -gtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccatttcc -cctccctggcgtctcctcctgcagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggc -ttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcct -gcagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctcctgcagcat -ctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgt -agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtcc -atttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctg--------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ---------------------tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagca -tctttccctgtagttgtgt----------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------ccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtg -tccatttcccctccctggcttctcctcttctagcatctttcctgctccctggtagcctct -tgggagccacctatttctggaggtccccactctgggttccttgtcctgggtgtggggcga -atgtgctggactggggtcacagcattgaaccccacttggagctgagga ->p:HG002_1_chr20:64173309-64176630 -cagaggtgggctgttggacaggtgcggctgatagagtgggtgtcttttgtgggcttctcc -ccagcctgtggcctggcctagtcagtagagatggtcaggggagcaggagggagcccatac -cccagtgcctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatccttc -cctttagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttcctagttg -tgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttccttgtagttgtgtccat -ttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccc -tgacttctcctcctgcagcatccttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttc -tcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcct -gcagcatctttccttgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcat -ctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgt -agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcc -atttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttccc -ctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg -gcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg -cagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatcttt -ccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagtt -gtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc---tagttgtgtccattt -cccctccctggcttctcctgtagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctg -gctt---ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctc -ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatc -tttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc---tagtt -gtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccattt -cccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg -gcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggctt---ctc -ctacagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgg---cttctcctgtagc -atctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccct -gtagttgtgtccatttcccctccctgg--------------------------------- ------------------------------------------------------------- -----cttctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg -tagcatctttcc-----------------------------------------------t -agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatt -tcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccct -ggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcct -gtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttcc -ctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgt -gtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccatttcc -cctccctggcgtctcctcctgcagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggc -ttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcct -gcagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctcctgcagcat -ctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgt -agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtcc -atttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctg--------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ---------------------tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagca -tctttccctgtagttgtgt----------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------ccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtg -tccatttcccctccctggcttctcctcttctagcatctttcctgctccctggtagcctct -tgggagccacctatttctggaggtccccactctgggttccttgtcctgggtgtggggcga -atgtgctggactggggtcacagcattgaaccccacttggagctgagga ->p:HG002_2_chr20:64173309-64176630 -cagaggtgggctgttggacaggtgcggctgatagagtgggtgtcttttgtgggcttctcc -ccagcctgtggcctggcctagtcagtagagatggtcaggggagcaggagggagcccatac -cccagtgcctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatccttc -cctttagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttcctagttg -tgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttccttgtagttgtgtccat -ttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccc -tgacttctcctcctgcagcatccttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttc -tcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcct -gcagcatctttccttgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcat -ctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgt -agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcc -atttcccctccctggctt---ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttccc -ctccctggctt---ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg -gcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg -cagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgt--------- ------------------------------------------agcatctttccctgtagtt -gtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccattt -cccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg -gctt---ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctc -ctgtagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatc -tttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagtt -gtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcaactttcc---tagttgtgtccattt -cccctccctggcttctcctgtagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctg -gcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggctt---ctc -ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctgg---cttctcctgcagc -atctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc-- --tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtcca -ttccccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctcc -ctggcttctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctg -tagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcct -agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatt -tcccctccctggcttctcctgcagcatctttccc-------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- --tgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgt -gtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcc -cctccctgg--------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ----------------------------------------------cttctcctgtagcat -ctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgt -agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcc -atttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctc -cctggcgtctcctcctgcagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttct -cctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcag -catctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctcctgcagcatcttt -ccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgta -gttgtgtccattccccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgt -ccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttc -ccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccc -tggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcc -tgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatct -ttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtag -ttgtgtccatttcccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtc -cattccccctccctggcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcc -cctccctggctt------------------------------------------------ ------ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgta -gcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctg -tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtc -catttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccct -ccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttc -tcctgtagcatctttccctgtagttgtgttcatttcccctccctggcttctcctgcagca -tctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggctt--------------------- ---------------------------------ctcctgcagcatctttccctgtagttgt -gtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcc -cctccctggctt------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------- ----------------------------------------------------ctcctgcag -catctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccc -tgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtg -tccatttcccctccctggcttctcctcttctagcatctttcctgctccctggtagcctct -tgggagccacctatttctggaggtccccactctgggttccttgtcctgggtgtggggcga -atgtgctggactggggtcacagcattgaaccccacttggagctgagga ->ref_chr20:64173309-64176630 -cagaggtgggctgttggacaggtgcggctgatagagtgggtgtcttttgtgggcttctcc -ccagcctgtggcctggcctagtcagtagagatggtcaggggagcaggagggagcccatac -cccagtgcctgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatccttc -cctt--------------------------------------------------tagttg -tgtccatttcccctccctgacttctcctcctgcagcatccttccctttagttgtgtccat -ttcccctccctgacttctcctcctgcagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccc -tgacttctcctcctgcagcatctttccttgtagttgtgtccatttcccctccctggcttc -tcctcctgcag------------------------------------------------- -----catctttccttgtagttgtgtccatttcccctccctgacttctcctcctgc----- ----------------------------------------------agcatccttccctgt -agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtcc -atttcccctccctggctt---ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttccc -ctccctggctt---ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg -gcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctg -tagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgc--------- ------------------------------------------agcatctttccctgtagtt -gtgtccatttcccctccctggcttctcctg------------------------------ ---------------------tagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctg -gcttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctc -ctgtagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatc -tttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagtt -gtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccattt -cccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctg -gcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccctgacttctcctc -ctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcgtctcctcctgcagc -atctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc-- --tagttgtgtccatttcccctccctggcttctc--------------------------- ------------------------------------------------------------- -----ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctg -tagcatctttcc-----------------------------------------------t -agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatt -tcccctccctggcttctcctgcagcatctttccc-------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- --tgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgt -gtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccatttcc -cctccctgg--------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ----------------------------------------------cttctcctgcagcat -ctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgt -agttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtcc -atttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctg--------------------- ------------------------------tagttgtgtccatttcccctccctggcttct -cctgtagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcgtctcctcctgcag -catctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggctt------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- -----------------ctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccc -tggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcc -tgtagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatct -ttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtag -ttgtgtccattccccctccctgacttctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtc -catttcccctccctggcgtctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcc -cctccctggcttctcctgtagcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttc -tcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctgta -gcatctttcctagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttcc--- -tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtc -catttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccct -ccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttc -tcctgcagcatctttcc---tagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagca -tctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgtagcatctttccctg -tagttgtgtccattccccctccctggcgtctcctcctgcagcatctttccctgtagttgt -gtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcc -cctccctggcttctcctgtagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggc -gtctcctcctgcagcatctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcct -cctgcagcatctttccctgtagttgtgtccattccccctccctggcttctcctcctgcag -catctttccctgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccc -tgtagttgtgtccatttcccctccctggcttctcctgcagcatctttccctgtagttgtg -tccatttcccctccctggcttctcctcttctagcatctttcctgctccctggtagcctct -tgggagccacctatttctggaggtccccactctgggttccttgtcctgggtgtggggcga -atgtgctggactggggtcacagcattgaaccccacttggagctgagga diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_2009907a3d9c420147c4ae73f6df2941.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_b9d356b09aad1b84d7626c820eace838.msa similarity index 99% rename from repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_2009907a3d9c420147c4ae73f6df2941.msa rename to repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_b9d356b09aad1b84d7626c820eace838.msa index ae63f17e..320047f1 100644 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_2009907a3d9c420147c4ae73f6df2941.msa +++ b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_b9d356b09aad1b84d7626c820eace838.msa @@ -84,7 +84,7 @@ ctggccaagatgatgaaatcctgtctctactaaaaatacaaaaaaattagctgggtgtgg taacgggtggctgtaatcccagctacttgggaagctgaggcagaagaatagcttgaacct gggaggcacaggttgcagtgagccgagatcgtgccactgcagcctaggcagcagagtgag actctgtcttaaaatatatattatggtttattttattttatggttaaaggccatatatat -atatatatatatatatataatatatatatatataaaatatatatatataaaatatatata +atatatatatatatatataataaatatatatataaaatatatatatataaaatatatata tatataaaatatatatatataaaatatatatatatatataaaatatatatatataaaata tatatatataaaatatatatatatataaaatatatatatatataaaatatatatatataa aatatatatatatataaaatatatatatataaaatatatatatataaaatatatatatat diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_db901ab7e3d0515b798b21b31e66d43e.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_db901ab7e3d0515b798b21b31e66d43e.msa deleted file mode 100644 index 04b45399..00000000 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_db901ab7e3d0515b798b21b31e66d43e.msa +++ /dev/null @@ -1,150 +0,0 @@ ->syndip_1_chr20:64134783-64136487 -agcattaggtgtatctcctaatgctatccctcccctctccccgcaccccacaaaagtccc -cggtgtgtgatgttccccttgaaaaggaggcgtttctgcttctcctctttccggtccttg -acagtgattccgtgcatcacaaacacacacgctccctcagttacacgaatcacaaacaca -cgctccctcagttttgtgcatcacaaacg-----------------------------ca -cacgctccctcagttttgtgcgtc------------------------------------ --acacacacgctccctcagttttgtgcg-------------------------------- ------------------------------------------------------------- -----------------------------------------ccacaaacacgcgcactccc -tcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacaaacacacac -gctccctcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttgtgcttcacaaac -acacacgctccctcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttgtgcttc -acaaacacacacgctccctcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttg -tgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacacacacgctccctcagttt -tgtgtgtcacaaacacacacgctccttcagttttgtgcttcacaaacacacacgctccct -cagttttgtgcatcacacacacattccctcagttttgtgcgccacaaacacgcgcgctcc -ctcagttttgtgcatcacaaacgcacatgctccctcagttttgggcatcacaaacacatt -ccctcagttttgtgcatcacaaacgcacacgctccctcagttttgtgcgtcacaaacaca -cacgctacctcagttttgtgtgttacaaacacacacgctccctcagtttcgtgcatccca -aacatgctccctcagttatgtgcgtcacaaacacgctccctcagttttgtgtgtcacaaa -cacacacgctccctcagttttgtgcatcacaaacacacacattccctcagttttgtgcgt -cacaaacacgcgtgctctctcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagtttt -gcgcatcacacacacgctccctcagctttgtgcttcacaaacacacacgctccctcagtt -ttgtgtgttacaaacacacacgctccctcagtttcgtgcatcccaaagacgattcctcag -ttttgtgcatcacaaacacatatgctccctcagttttgtgcgtcacaaacgcgcgctccc -tcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacacacacgctc -cctcagttttgtgtg---------------------------------tcacaaacacac -acgctccctcagttgtcaggggactttgcactgtgcctttgcatgaaacaccatggcttg -aagaggtcccgcatcgttagggcccccttgcccatggtgtggcgt--------------- -------------------------- ->syndip_2_chr20:64134783-64136487 -agcattaggtgtatctcctaatgctatccctcccctctccccgcaccccacaaaagtccc -cggtgtgtgatgttccccttgaaaaggaggcgtttctgcttctcctctttccggtccttg -acagtgattccgtgcatcacaaacacacacgctccctcagttacacgaatcacaaacaca -cgctccctcagttttgtgcatcacaaacgcacacgctccctcagttttgtgcgtcacaca -cacgctccctcagttttgtgcgccacaaacacgcgcactccctcagttatgtgcgtcaca -aacacagacgctccctcagttttgcgca-------------------------------- ------------------------------------------------------------- -----------------------------------------tcacaaacacacacgctccc -tcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttgtgcttcacaaacacacac -gctccctcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttgtgcttcacaaac -acacacgctccctcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttgtgcttc -acaaacacacacgctccctcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttg -tgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacacacacgctccctcagttt -tgtgtgtcacaaacacacacgctccttcagttttgtgcttcacaaacacacacgctccct -cagttttgtgcatcacacacacattccctcagttttgtgcgccacaaacacgcgcgctcc -ctcagttttgtgcatcacaaacgcacatgctccctcagttttgggcatcacaaacacatt -ccctcagttttgtgcatcacaaacgcacacgctccctcagttttgtgcgtcacaaacaca -cacgctacctcagttttgtgtgttacaaacacacacgctccctcagtttcgtgcatccca -aacatgctccctcagttatgtgcgtcacaaacacgctccctcagttttgtgtgtcacaaa -cacacacgctccctcagttttgtgcatcacaaacacacacattccctcagttttgtgcgt -cacaaacacgcgtgctctctcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagtttt -gcgcatcacacacacgctccctcagctttgtgcttcacaaacacacacgctccctcagtt -ttgtgtgttacaaacacacacgctccctcagtttcgtgcatcccaaagacgattcctcag -ttttgtgcatcacaaacacatatgctccctcagttttgtgcgtcacaaacgcgcgctccc -tcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacacacacgctc -cctcagttttgtgtgtcacaaacacacacgctccctcagttttgcgcatcacaaacacac -acgctccctcagttgtcaggggactttgcactgtgcctttgcatgaaacaccatggcttg -aagaggtcccgcatcgttagggcccccttgcccatggtgtggcgt--------------- -------------------------- ->p:HG002_1_chr20:64134783-64136487 -agcattaggtgtatctcctaatgctatccctcccctctccccgcaccccacaaaagtccc -cggtgtgtgatgttccccttgaaaaggaggcgtttctgcttctcctctttccggtccttg -acagtgattccgtgcatcacaaacacacacgctccctcagttacacgaatcacaaacaca -cgctccctcagttttgtgcatcacaaacgcacacgctccctcagttttgtgcgtcacaca -cacgctccctcagttttgtgcgccacaaacacgcgcactccctcagttatgtgcgtcaca -aacacagacgctccctcagttttgcgca-------------------------------- ------------------------------------------------------------- -----------------------------------------tcacaaacacacacgctccc -tcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttgtgcttcacaaacacacac -gctccctcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttgtgcttcacaaac -acacacgctccctcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttgtgcttc -acaaacacacacgctccctcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttg -tgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacacacacgctccctcagttt -tgtgtgtcacaaacacacacgctccttcagttttgtgcttcacaaacacacacgctccct -cagttttgtgcatcacacacacattccctcagttttgtgcgccacaaacacgcgcgctcc -ctcagttttgtgcatcacaaacgcacatgctccctcagttttgggcatcacaaacacatt -ccctcagttttgtgcatcacaaacgcacacgctccctcagttttgtgcgtcacaaacaca -cacgctacctcagttttgtgtgttacaaacacacacgctccctcagtttcgtgcatccca -aacatgctccctcagttatgtgcgtcacaaacacgctccctcagttttgtgtgtcacaaa -cacacacgctccctcagttttgtgcatcacaaacacacacattccctcagttttgtgcgt -cacaaacacgcgtgctctctcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagtttt -gcgcatcacacacacgctccctcagctttgtgcttcacaaacacacacgctccctcagtt -ttgtgtgttacaaacacacacgctccctcagtttcgtgcatcccaaagacgattcctcag -ttttgtgcatcacaaacacatatgctccctcagttttgtgcgtcacaaacgcgcgctccc -tcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacacacacgctc -cctcagttttgtgtgtcacaaacacacacgctccctcagttttgcgcatcacaaacacac -acgctccctcagttgtcaggggactttgcactgtgcctttgcatgaaacaccatggcttg -aagaggtcccgcatcgttagggcccccttgcccatggtgtggcgt--------------- -------------------------- ->p:HG002_2_chr20:64134783-64136487 -agcattaggtgtatctcctaatgctatccctcccctctccccgcaccccacaaaagtccc -cggtgtgtgatgttccccttgaaaaggaggcgtttctgcttctcctctttccggtccttg -acagtgattccgtgcatcacaaacacacacgctccctcagttacacgaatcacaaacaca -cgctccctcagttttgtgcatcacaaacgcacacgctccctcagttttgtgcgtcacaca -cacgctccctcagttttgtgcgtc------------------------------------ --acacacacgctccctcagttttgtgcg-------------------------------- ------------------------------------------------------------- -----------------------------------------ccacaaacacgcgcactccc -tcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacaaacacacac -gctccctcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttgtgcttcacaaac -acacacgctccctcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttgtgcttc -acaaacacacacgctccctcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttg -tgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacacacacgctccctcagttt -tgtgtgtcacaaacacacacgctccttcagttttgtgcttcacaaacacacacgctccct -cagttttgtgcatcacacacacattccctcagttttgtgcgccacaaacacgcgcgctcc -ctcagttttgtgcatcacaaacgcacatgctccctcagttttgggcatcacaaacacatt -ccctcagttttgtgcatcacaaacgcacacgctccctcagttttgtgcgtcacaaacaca -cacgctacctcagttttgtgtgttacaaacacacacgctccctcagtttcgtgcatccca -aacatgctccctcagttatgtgcgtcacaaacacgctccctcagttttgtgtgtcacaaa -cacacacgctccctcagttttgtgcatcacaaacacacacattccctcagttttgtgcgt -cacaaacacgcgtgctctctcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagtttt -gcgcatcacacacacgctccctcagctttgtgcttcacaaacacacacgctccctcagtt -ttgtgtgttacaaacacacacgctccctcagtttcgtgcatcccaaagacgattcctcag -ttttgtgcatcacaaacacatatgctccctcagttttgtgcgtcacaaacgcgcgctccc -tcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacacacacgctc -cctcagttttgtgtg---------------------------------tcacaaacacac -acgctccctcagttgtcaggggactttgcactgtgcctttgcatgaaacaccatggcttg -aagaggtcccgcatcgttagggcccccttgcccatggtgtggcgt--------------- -------------------------- ->ref_chr20:64134783-64136487 -agcattaggtgtatctcctaatgctatccctcccctctccccgcaccccacaaaagtccc -cggtgtgtgatgttccccttgaaaaggaggcgtttctgcttctcctctttccggtccttg -acagtgattccgtgcatcacaaacacacacgctccctcagttacacgaatcacaaacaca -cgctccctcagttttgtgcatcacaaacgcacacgctccctcagttttgtgcgtcacaca -cacgctccctcagttttgtgcgccacaaacacgcgcactccctcagttatgtgcgtcaca -aacacagacgctccctcagttttgcgcatcacaaacacacacgctccctcagttatggac -atcacaaacacacacgctccctcagttttgtgcttcacaaacacacacgctccctcagtt -atggacatcacaaacacacacgctccctcagttttgtgcttcacaaacacacacgctccc -tcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttgtgcttcacaaacacacac -gctccctcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttgtgcttcacaaac -acacacgctccctcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttgtgcttc -acaaacacacacgctccctcagttatggacatcacaaacacacacgctccctcagttttg -tgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacacacacgctccctcagttt -tgtgtgtcacaaacacacacgctccttcagttttgtgcttcacaaacacacacgctccct -cagttttgtgcatcacacacacattccctcagttttgtgcgccacaaacacgcgcgctcc -ctcagttttgtgcatcacaaacgcacatgctccctcagttttgggcatcacaaacacatt -ccctcagttttgtgcatcacaaacgcacacgctccctcagttttgtgcgtcacaaacaca -cacgctacctcagttttgtgtgttacaaacacacacgctccctcagtttcgtgcatccca -aacatgctccctcagttatgtgcgtcacaaacacgctccctcagttttgtgtgtcacaaa -cacacacgctccctcagttttgtgcatcacaaacacacacattccctcagttttgtgcgt -cacaaacacgcgtgctctctcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagtttt -gcgcatcacacacacgctccctcagctttgtgcttcacaaacacacacgctccctcagtt -ttgtgtgttacaaacacacacgctccctcagtttcgtgcatcccaaagacgattcctcag -ttttgtgcatcacaaacacatatgctccctcagttttgtgcgtcacaaacgcgcgctccc -tcagttatgtgcgtcacaaacacagacgctccctcagttttgcgcatcacacacacgctc -cctcagttttgtgtgtcacaaacacacacgctccctcagttttgcgcatcacaaacacac -acgctccctcagttgtcaggggactttgcactgtgcctttgcatgaaacaccatggcttg -aagaggtcccgcatcgttagggcccccttgcccatggtgtggcgtcccctgaccgattta -gccgttattgagggacatcgaggtt diff --git a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_e32c27444e9b0e7e8e1c5c44bd945896.msa b/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_e32c27444e9b0e7e8e1c5c44bd945896.msa deleted file mode 100644 index e61652dc..00000000 --- a/repo_utils/test_files/external/fake_mafft/lookup/fm_e32c27444e9b0e7e8e1c5c44bd945896.msa +++ /dev/null @@ -1,65 +0,0 @@ ->syndip_1_chr20:63641747-63642116 -acgcccagtaaacacgggaggagcccccgacccccaccccagctcagcgcctcggagtcc -ccggccccgctctgcgcccctccgagctccgccctagccccgcccccgcccagtgccccg -ccccctgcctgctgctagccctgcccccgccccggcccctgcccgctccgagctccgccc -cggccccgccccggcccctgcccgctccgagctccgccctggccccgcccccgcccagtg -ccccgccccctgactgctgctagccctgcccccgccccggcccctgcccgctccgagctc -cgccccggccccg----------------------------------------------- -ccccggcccctgcccgctccgagctccgccccggccccgccccggccc------------ ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- --ctgcccgctccgagcttcgccccggccccgccccggcccctgcccgctccgagctccgc -cccggccccgcccccgcaccttctcgc--------------------------------- ----------------------------------------------g ->syndip_2_chr20:63641747-63642116 -acgcccagtaaacacgggaggagcccccgacccccaccccagctcagcgcctcggagtcc -ccggccccgctctgcgcccctccgagctccgccctagccccgcccccgcccagtgccccg -ccccctgcctgctgctagccctgcccccgccccggcccctgcccgctccgagctccgccc -cggccccgccccggcccctgcccgctccgagctccgccctggccccgcccccgcccagtg -ccccgccccctgactgctgctagccctgcccccgccccggcccctgcccgctccgagctc -caccctggccccgcccccgcccagtgccccgccccctgcctgctgcttgccctgccccct -ccccggcccctgcccgctccgagctccgccccggccccgccccggcccagtgccccgccc -cctgcctgctgctagccctgcccccgccccggcccctgcccgctccgagctccgccctgg -ccccgcccccgcccagtgccccgccccctgcctgctgcttgccctgccccctccccggcc -cctgcccgctccgagctccgccccggcctcgccccggcccctgcccgctccgagcttcgc -cccggccccgccccggcccctgcccgctccgagcttcgccccggccccgccccggcccct -gcccgctccgagctccgccccggccccgcccccgcaccttctcgcg ->p:HG002_1_chr20:63641747-63642116 -acgcccagtaaacacgggaggagcccccgacccccaccccagctcagcgcctcggagtcc -ccggccccgctctgcgcccctccgagctccgccctagccccgcccccgcccagtgccccg -ccccctgcctgctgctagccctgcccccgccccggcccctgcccgctccgagctccgccc -cggccccgccccggcccctgcccgctccgagctccgccctggccccgcccccgcccagtg -ccccgccccctgactgctgctagccctgcccccgccccggcccctgcccgctccgagctt -cgccccggccccg----------------------------------------------- -ccccggcccctgcccgctccgagctccgccccggccccgcccccgcac------------ ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- --cttctcgc--------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ----------------------------------------------g ->p:HG002_2_chr20:63641747-63642116 -acgcccagtaaacacgggaggagcccccgacccccaccccagctcagcgcctcggagtcc -ccggccccgctctgcgcccctccgagctccgccctagccccgcccccgcccagtgccccg -ccccctgcctgctgctagccctgcccccgccccggcccctgcccgctccgagctccgccc -cggccccgccccggcccctgcccgctccgagctccgccctggccccgcccccgcccagtg -ccccgccccctgactgctgctagccctgcccccgccccggcccctgcccgctccgagctc -cgccccggccccg----------------------------------------------- -ccccggcccctgcccgctccgagctccgccctggccccgcccccgccc------------ ------------------------------------------------------------- ---------------agtgccccgccccctgactgctgctagccctgcccccgccccggcc -cctgcccgctccgagctccgccccggccccgccccggcccctgcccgctccgagctccgc -cccggccccgccccggcccctgcccgctccgagcttcgccccggccccgccccggcccct -gcccgctccgagctccgccccggccccgcccccgcaccttctcgcg ->ref_chr20:63641747-63642116 -acgcccagtaaacacgggaggagcccccgacccccaccccagctcagcgcctcggagtcc -ccggccccgctctgcgcccctccgagctccgccctagccccgcccccgcccagtgccccg -ccccctgcctgctgctagccctgcccccgccccggcccctgcccgctccgagctccgccc -cggccccgccccggcccctgcccgctccgagctccgccctggccccgcccccgcccagtg -ccccgccccctgactgctgctagccctgcccccgccccggcccctgcccgctccgagctt -cgccccggccccg----------------------------------------------- -ccccggcccctgcccgctccgagctccgccccggccccgcccccgcac------------ ------------------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- --cttctcgc--------------------------------------------------- ------------------------------------------------------------- ----------------------------------------------g diff --git a/truvari/phab.py b/truvari/phab.py index 89dd475e..568cb36d 100644 --- a/truvari/phab.py +++ b/truvari/phab.py @@ -81,27 +81,69 @@ def extract_reference(reg_fn, ref_fn): return out_fn +def incorporate(consensus_sequence, entry, correction): + """ + Incorporate a variant into a haplotype returning the new correction field + """ + ref_len = len(entry.ref) + alt_len = len(entry.alts[0]) if entry.alts else 0 + if entry.alts[0] == '*': + return correction + position = entry.pos + correction + consensus_sequence[position:position + ref_len] = list(entry.alts[0]) + return correction + (alt_len - ref_len) + +def make_consensus(data, ref_fn): + """ + Creates consensus sequence from variants + """ + vcf_fn, sample, prefix = data + reference = pysam.FastaFile(ref_fn) + vcf = pysam.VariantFile(vcf_fn) + o_samp = 'p:' + sample if prefix else sample + ret = {} + for ref in list(reference.references): + chrom, start, end = re.split(':|-', ref) + start = int(start) + end = int(end) + sequence = reference.fetch(ref) + haps = (list(sequence), list(sequence)) + correction = [-start, -start] + for entry in vcf.fetch(chrom, start, end): + # Variant must be within boundaries + if entry.start < start or entry.stop > end: + continue + if entry.samples[sample]['GT'][0] == 1: + # Checks - doesn't overlap previous position + correction[0] = incorporate(haps[0], entry, correction[0]) + if entry.samples[sample]['GT'][1] == 1: + # Checks - doesn't overlap previous position + correction[1] = incorporate(haps[1], entry, correction[1]) + # turn into fasta. + ret[ref] = f">{o_samp}_1_{ref}\n{''.join(haps[0])}\n>{o_samp}_2_{ref}\n{''.join(haps[1])}\n".encode() + return ret + + + def make_haplotype_jobs(base_vcf, bSamples=None, comp_vcf=None, cSamples=None, prefix_comp=False): """ Sets up sample parameters for extract haplotypes - returns list of tuple of (VCF, sample_name, should_prefix, haplotype_number) and the sample names + returns list of tuple of (VCF, sample_name, should_prefix) and the sample names to expect in the haplotypes' fasta """ ret = [] if bSamples is None: bSamples = list(pysam.VariantFile(base_vcf).header.samples) - for hap in [1, 2]: - ret.extend([(base_vcf, samp, False, hap) for samp in bSamples]) + ret.extend([(base_vcf, samp, False) for samp in bSamples]) if comp_vcf: if cSamples is None: cSamples = list(pysam.VariantFile(comp_vcf).header.samples) - for hap in [1, 2]: - ret.extend([(comp_vcf, samp, prefix_comp or samp in bSamples, hap) - for samp in cSamples]) + ret.extend([(comp_vcf, samp, prefix_comp or samp in bSamples) + for samp in cSamples]) samp_names = sorted({('p:' if prefix else '') + samp - for _, samp, prefix, _ in ret}) + for _, samp, prefix in ret}) return ret, samp_names @@ -133,6 +175,7 @@ def fasta_reader(fa_str, name_entries=True): def extract_haplotypes(data, ref_fn): """ + Deprecated - bcftools consensus isn't great Given a data tuple of VCF, sample name, and prefix bool Call bcftools consensus Returns list of tuples [location, fastaentry] for every haplotype, @@ -152,9 +195,9 @@ def collect_haplotypes(ref_haps_fn, hap_jobs, threads): """ all_haps = defaultdict(BytesIO) with multiprocessing.Pool(threads, maxtasksperchild=1) as pool: - to_call = partial(extract_haplotypes, ref_fn=ref_haps_fn) - for haplotype in pool.imap(to_call, hap_jobs): - for location, fasta_entry in haplotype: + to_call = partial(make_consensus, ref_fn=ref_haps_fn) + for haplotypes in pool.imap(to_call, hap_jobs): + for location, fasta_entry in haplotypes.items(): all_haps[location].write(fasta_entry) pool.close() pool.join() @@ -308,10 +351,13 @@ def phab(var_regions, base_vcf, ref_fn, output_fn, bSamples=None, buffer=100, logging.info("Extracting haplotypes") ref_haps_fn = extract_reference(region_fn, ref_fn) + # Haplotype jobs is now simplier (1 and 2 are made together) hap_jobs, samp_names = make_haplotype_jobs(base_vcf, bSamples, comp_vcf, cSamples, prefix_comp) + # and all of this can be simplified sample_haps = collect_haplotypes(ref_haps_fn, hap_jobs, threads) + # and I can actually probably not double dip in the reference sequence? harm_jobs = consolidate_haplotypes_with_reference(sample_haps, ref_haps_fn) logging.info("Harmonizing variants")