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#Annoate TEs, use Db-1 as an example
#Annoate TEs with EDTA for each accession
cd ../genome_assembly/Db-1/06TE_anno00
ln -sf /xxx/genome_assembly/Db-1/04quickmerge_out000/ragoo_output_t2t_corr_gapclosing_polish_corr/ragoo.fasta genome.fa
EDTA.pl --genome ./genome.fa --cds /xxx/Databases/Ath_refGenome/Athaliana_447_Araport11.cds_primaryTranscriptOnly.fa --overwrite 1 --sensitive 1 --anno 1 --evaluate 1 --threads 8
#Make panEDTA library
mkdir ../pan_genome/panEDTA_lib
ls ../genome_assembly/*/06TE_anno00/genome.fa.mod.EDTA.TElib.fa > ../pan_genome/panEDTA_lib/TElib.list
nohup /xxx/EDTA/util/make_panTElib.pl -liblist ../pan_genome/panEDTA_lib/TElib.list -threads 48
#Annoate TEs with EDTA (panEDTA_lib) for each accession
cp -rp ../genome_assembly/Db-1/06TE_anno00 ../genome_assembly/Db-1/06TE_anno_pan
cd ../genome_assembly/Db-1/06TE_anno_pan
ln -sf /xxx/pan_genome/panEDTA_lib/TElib.list.panTE.fa .
RepeatMasker -pa 8 -q -div 40 -cutoff 225 -lib ./TElib.list.panTE.fa -gff ./genome.fa
EDTA.pl --genome ./genome.fa --cds /xxx/Databases/Ath_refGenome/Athaliana_447_Araport11.cds_primaryTranscriptOnly.fa --curatedlib ./TElib.list.panTE.fa --step final --overwrite 1 --anno 1 --rmout ./genome.fa.out --threads 8
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