1 Overview

序号	名称	来源/下载地址	相关文献	安装步骤	测试
01	ShapeProtrudeDist	rdkit	-	-	✓
02	ShapeTanimotoDist	rdkit	-	-	✓
03	ShapeTverskyIndex	rdkit	-	-	✓
04	SC score	rdkit	@Yang2020	-	✓
05	Gobbi_Pharm2D	rdkit	-	-	✓
06	USR	oddt	@Ballester2007	-	✓
07	USRCAT	oddt	@Schreyer2012	-	✓
08	Electroshape	oddt	@Armstrong2010	-	✓
09	ACPC	riken	@Berenger2014	Installation	✓
10	ESP-Sim	pip	@Bolcalto2021	-	✓
11	PAPER	SimTK	@Haque2010	software	✗
12	MolShaCS	code.google	@VazdeLima2013	-	✗
13	🌟SHAFTS	lilab	@Liu2011	software	✗
14	ShaEP	mivainio	@Vainio2009	-	✗
15	SimG	lilab	@Cai2013	software	✗
16	EGNN	git	@Satorras2022	usage	✗
				-	✗

• 相关综述：
  • [@Bero2017] Similarity Measure for Molecular Structure: A Brief Review
  • [@Kumar2018] Advances in the Development of Shape Similarity Methods and Their Application in Drug Discovery
  • [@Jiang2021a] A comprehensive comparative assessment of 3D molecular similarity tools in ligand-based virtual screening

2 Installation

2.1 ACPC

---

1. Install Opam

   sudo apt install software-properties-common
   sudo add-apt-repository ppa:avsm/ppa # may get message that `ERROR: '~avsm' user or team does not exist`, please try again
   sudo apt update
   sudo apt install gnuplot-x11 autoconf opam make gcc patch

2. Initialization Opam

   rm -rf ~/.opam
   opam init --disable-sandboxin # for LXC container

3. Install ACPC

   opam install ACPC # try until prompt change from `Processing  1/1: [default: http]` to `Processing  1/1`:

2.2 PAPER

---

已下载在molecule-3d-similarity/softwares/目录下

2.3 SHAFTS

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已下载在molecule-3d-similarity/softwares/目录下, 如果出现./Cynthia: No such file or directory错误，可以尝试安装sudo apt-get install lib32stdc++6（参考）。

2.4 SimG

---

已下载在molecule-3d-similarity/softwares/目录下

2.5 EGNN

---

2.5.1 文件树

.
├── ae_datasets
│   ├── dataloader.py
│   ├── d_creator.py
│   ├── d_selector.py
│   └── __init__.py
├── dude # need to notice
│   ├── data # dude preprocess data
│   │   ├── aa2ar.csv
│   │   ├── abl1.csv
│   │   ├── ace.csv
│   │   ├── aces.csv
...
│   │   └── xiap.csv
│   ├── data.py # load data utils
│   ├── __init__.py
│   ├── models.py # construct models
│   └── utils.py
├── eval.py
├── graph.py
├── LICENSE
├── losess.py
├── main_ae.py
├── main_dude.py # dude main
├── main_nbody.py
├── main_qm9.py
├── models
│   ├── ae.py
│   ├── egnn_clean
│   │   ├── egnn_clean.py
│   │   └── __init__.py
│   ├── egnn.png
│   ├── gcl.py
│   └──  __init__.py
├── n_body_system
├── qm9
├── README.md
└── utils.py

2.5.2 模型结构

bs -> batch size
nn -> node number
nt -> node type
cp -> charge power
pm -> postion number (len(x, y, z) = 3)

1. 模型构建参数

   	名称	含义	类型	取值	备注
   1	in_node_nf	输入节点类型数	int	11*(2+1)	nf=number of feature； in_node_nf=nt*(cp+1);
   2	in_edge_nf	输入边类型数	int	4	(single, double, triple, aromatic)
   3	hidden_nf	embedding维度	int	128
   4	device	模型载入设备	torch.device	-
   5	n_layers	E_GCL数量	int	7
   6	attention	注意力机制	bool	-

2. 模型输入参数

   	名称	含义	形状	关联中间变量	备注
   1	h	Nodes输入向量	(2, bs*nn, nt*(cp+1))	one_hot, chargs, charge_power, charge_scale, device	输入均为包含两个元素的列表， 第一元素代表ref，第二个元素代表prb
   2	x	Nodes的三维坐标	(2, bs*nn, pm)	-
   3	edges	Edges输入向量	(2, 2, bs*(n^2-3n+1))	-	列表中每一个元素 形如[tensor1, tensor2]这样的方式构建； 代表[rows, cols]; 只记录邻接矩阵中的上三角矩阵中的边
   4	edge_attr	边属性向量	(2, bs*(n^2-3n+1), 5)	-
   5	node_mask	掩模padding节点	(2, bs, nn)	charges	动态padding; 未使用；
   6	edge_mask	掩模不存在边	(2, bs*(n^2-3n+1), 1)
   7	n_nodes	节点数量	(2, 1)
   8	label	标签	(1)		actives还是decoys

2.5.3 数据输入

1. 数据预处理 使用molecule-3d-similarity/test.ipynb文件中的代码，对DUD-E的数据进行预处理，对每一个靶点得到具有(name, smiles, label, charges, position, edges)列的CSV文件。
2. DataUp waiting...
3. Dataset waiting...
4. DataLoader waiting...

Question

1. sudo: add-apt-repository: command not found https://linuxconfig.org/sudo-apt-add-repository-command-not-found

   sudo apt install software-properties-common