Skip to content

Commit

Permalink
merge chapters
Browse files Browse the repository at this point in the history 
Merge branch 'main' into 130_raaien

# Conflicts:
#	moneos_2024/150_geintegreerd_rapport/index.Rmd
#	moneos_2024/moneos_2024.Rproj
  • Loading branch information
@joost-vanoverbeke
joost-vanoverbeke committed Oct 7, 2024
2 parents c8bcea7 + a6f956c commit f4e8c71
Show file tree
Hide file tree
Showing 46 changed files with 24,674 additions and 100 deletions.
354 changes: 261 additions & 93 deletions moneos_2023/100_watervogels/20_moneos_watervogels_analyse.Rmd
View file

Large diffs are not rendered by default.

238 changes: 238 additions & 0 deletions moneos_2024/030_ecotopen/10_tabellen_inleiding.Rmd
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,238 @@
---
params:
hoofdstuk: "030_ecotopen"
knit: (function(inputFile, ...) {
rmarkdown::render(inputFile,
output_dir = paste0(rmarkdown::yaml_front_matter(inputFile)$params$hoofdstuk, "/output"))})
title: "Rmarkdown template MONEOS analyse"
output: word_document
editor_options:
chunk_output_type: console
---


```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, error=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE, cache=FALSE)
```


```{r libraries}
library(tidyverse)
library(INBOtheme)
library(rprojroot)
library(readxl)
library(writexl)
library(flextable)
library(officer)
```


```{r pad}
# inlezen van variabelen
# pad naar data : pad_data
# pad naar tabellen : pad_tabellen
# pad naar figuren : pad_figuren
source(find_root_file("../pad.R", criterion = is_rstudio_project))
pad_data <- maak_pad(params$hoofdstuk, "data")
pad_figuren <- maak_pad(params$hoofdstuk, "figuren")
pad_tabellen <- maak_pad(params$hoofdstuk, "tabellen")
```

# Tabel ecotoopklassen obv fysiotoop en geomorf

```{r 030-tabel-ecotoopklassen-1}
geomorftype <-
c("Onbepaald",
"Zacht substraat",
"Hard natuurlijk",
"Hard antropogeen (breuksteen)",
"Schor- en dijkvegetatie",
"Getijdeplas",
"Verhard"
)
fysiotopen <-
c("Zeer diep subtidaal",
"Diep subtidaal",
"Matig diep subtidaal",
"Ondiep subtidaal",
"Laag slik",
"Middelhoog slik",
"Hoog slik",
"Supralitoraal s.s.",
"Hoog supralitoraal"
)
ecotopen <-
c("Diep subtidaal",
"Matig diep subtidaal",
"Ondiep subtidaal",
"Laag slik zacht substraat",
"Middelhoog slik zacht substraat",
"Hoog slik zacht substraat",
"Laag slik hard natuurlijk",
"Middelhoog slik hard natuurlijk",
"Hoog slik hard natuurlijk",
"Laag slik hard antropogeen",
"Middelhoog slik hard antropogeen",
"Hoog slik hard antropogeen",
"Potentiële pionierzone",
"Schor",
"Supralitoraal s.s. hard natuurlijk",
"Supralitoraal s.s. hard antropogeen",
"Hoog supralitoraal (begroeid)",
"Hoog supralitoraal hard antropogeen",
"Getijdeplas",
"Antropogeen"
)
ecotopen_df <- data.frame(ecotopen) %>%
rename(Ecotoop = ecotopen) %>%
mutate(
Getijdezone = case_when(
str_detect(Ecotoop, "subtidaal") ~ "Sublitoraal",
str_detect(Ecotoop, "slik") ~ "Litoraal",
TRUE ~ "Supralitoraal"
),
Geomorftype = case_when(
str_detect(Ecotoop, "Hoog supralitoraal hard antropogeen") ~ "Hard antropogeen (breuksteen)",
str_detect(Ecotoop, "Schor|Hoog supralitoraal") ~ "Schor- en dijkvegetatie",
str_detect(Ecotoop, "subtidaal") ~ "Onbepaald",
str_detect(Ecotoop, "zacht substraat|Potentiële pionierzone") ~ "Zacht substraat",
str_detect(Ecotoop, "hard natuurlijk") ~ "Hard natuurlijk",
str_detect(Ecotoop, "hard antropogeen") ~ "Hard antropogeen (breuksteen)",
str_detect(Ecotoop, "Getijdeplas") ~ "Getijdeplas",
str_detect(Ecotoop, "Antropogeen") ~ "Verhard"
),
Fysiotoop = case_when(
str_detect(Ecotoop, "subtidaal") ~ Ecotoop,
str_detect(Ecotoop, "Laag slik") ~ "Laag slik",
str_detect(Ecotoop, "Middelhoog slik") ~ "Middelhoog slik",
str_detect(Ecotoop, "Hoog slik") ~ "Hoog slik",
str_detect(Ecotoop, "Hoog supralitoraal") ~ "Hoog supralitoraal",
str_detect(Ecotoop, "pionierzone|Supralitoraal|Schor") ~ "Supralitoraal s.s.",
str_detect(Ecotoop, "Getijdeplas|Antropogeen") ~ ""
)
) %>%
bind_rows(data.frame(Getijdezone = "Sublitoraal",
Ecotoop = "Diep subtidaal",
Geomorftype = "Onbepaald",
Fysiotoop = "Zeer diep subtidaal")) %>%
mutate(Ecotoop = factor(Ecotoop, levels = ecotopen)) %>%
arrange(Ecotoop, fct_relevel(Fysiotoop, 'Zeer diep subtidaal')) %>%
relocate(Getijdezone, Geomorftype, Fysiotoop, Ecotoop)
```

```{r make flextable 1}
#### E1 klassen tabel ####
set_flextable_defaults(background.color = "white")
row_div <- c(5:7, 11:13, 18:19)
flt_klassen <-
ecotopen_df %>%
flextable() %>%
merge_v() %>%
bold(i = 1, part = "header") %>%
width(j = "Fysiotoop", width = 40, unit = "mm") %>%
width(j = "Geomorftype", width = 45, unit = "mm") %>%
width(j = "Ecotoop", width = 67, unit = "mm") %>%
bg(i = row_div, j = 2:4, bg = "#D9D9D9", part = "body") %>%
hline_bottom(part = "body", border = fp_border(color = "#D9D9D9", width = 1.5)) %>%
rotate(j = "Getijdezone", rotation = "btlr", part = "body") %>%
set_header_labels(Getijdezone = "") %>%
width(j = 1, width = 10, unit = "mm") %>%
hline(i = c(4, 13), part = "body") %>%
vline(j = 1, part = "body")
output_name_klassen <- "030_tabel_klassen_E1.png"
flt_klassen %>% save_as_image(path = str_c(pad_tabellen, output_name_klassen))
```

```{r 030-tabel-ecotoopklassen-2}
ecotopen_20_sublitoraal <-
c("Hoogdynamisch diep subtidaal",
"Laagdynamisch diep subtidaal",
"Hoogdynamisch matig diep subtidaal",
"Laagdynamisch matig diep subtidaal",
"Hoogdynamisch ondiep subtidaal",
"Laagdynamisch ondiep subtidaal")
snelheden_sublitoraal <-
c("> 0,83 m/s",
"<= 0,83 m/s",
"> 0,92 m/s",
"<= 0,92 m/s",
"> 1,01 m/s",
"<= 1,01 m/s")
df_sublit_20 <- data.frame("Ecotoop" = ecotopen_20_sublitoraal, "maxV" = snelheden_sublitoraal) %>%
mutate(Getijdezone = "Sublitoraal", Geomorftype = "Onbepaald", Fysiotoop = Ecotoop)
ecotopen_df_20 <-
ecotopen_df %>%
dplyr::filter(!str_detect(Ecotoop, "subtidaal")) %>%
mutate(maxV = "") %>%
bind_rows(df_sublit_20) %>%
bind_rows(data.frame(Getijdezone = "Sublitoraal",
Ecotoop = "Hoogdynamisch diep subtidaal",
Geomorftype = "Onbepaald",
Fysiotoop = "Zeer diep subtidaal",
maxV = "----")) %>%
mutate(Getijdezone = factor(Getijdezone, levels = c("Sublitoraal", "Litoraal", "Supralitoraal"))) %>%
arrange(Getijdezone, fct_relevel(Fysiotoop, 'Zeer diep subtidaal')) %>%
relocate(Getijdezone, Geomorftype, Fysiotoop, maxV, Ecotoop)
movedown <- ecotopen_df_20 %>%
dplyr::filter(Ecotoop %in% c("Hoog supralitoraal (begroeid)", "Hoog supralitoraal hard antropogeen", "Getijdeplas", "Antropogeen"))
ecotopen_df_20 <- ecotopen_df_20 %>%
dplyr::filter(!Ecotoop %in% c("Hoog supralitoraal (begroeid)", "Hoog supralitoraal hard antropogeen", "Getijdeplas", "Antropogeen")) %>%
bind_rows(movedown %>%
arrange(fct_relevel(Ecotoop, "Hoog supralitoraal (begroeid)", "Hoog supralitoraal hard antropogeen", "Getijdeplas", "Antropogeen"))) %>%
rename("Max. snelheid (vloed)" = maxV)
```

```{r make flextable klassen 2}
#### E2 klassen tabel ####
set_flextable_defaults(background.color = "white")
row_div_2 <- c(8:10, 14:16, 21:22)
flt_klassen_2 <-
ecotopen_df_20 %>%
flextable() %>%
merge_v(j = c(1:3, 5)) %>%
bold(i = 1, part = "header") %>%
width(j = "Fysiotoop", width = 40, unit = "mm") %>%
width(j = "Geomorftype", width = 45, unit = "mm") %>%
width(j = "Ecotoop", width = 67, unit = "mm") %>%
bg(i = row_div_2, j = 2:5, bg = "#D9D9D9", part = "body") %>%
hline_bottom(part = "body", border = fp_border(color = "#D9D9D9", width = 1.5)) %>%
rotate(j = "Getijdezone", rotation = "btlr", part = "body") %>%
set_header_labels(Getijdezone = "") %>%
width(j = 1, width = 10, unit = "mm") %>%
hline(i = c(7, 16), part = "body") %>%
vline(j = 1, part = "body")
output_name_klasse_2 <- "030_tabel_klassen_E2.png"
flt_klassen_2 %>% save_as_image(path = str_c(pad_tabellen, output_name_klasse_2))
```

Binary file added moneos_2024/040_vegetatiekaart/INBO.MONEOS_sjabloonT2023_BV_vegetatiekaart.docx
View file
Binary file not shown.
19 changes: 19 additions & 0 deletions moneos_2024/040_vegetatiekaart/word_naar_rmd.R
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,19 @@

library(protocolhelper)

source("../pad.R")

hoofdstuk <- "040_vegetatiekaart"
pad_data <- maak_pad(hoofdstuk, "data")
pad_figuren <- maak_pad(hoofdstuk, "figuren")
pad_tabellen <- maak_pad(hoofdstuk, "tabellen")

convert_docx_to_rmd(from = "040_vegetatiekaart/INBO.MONEOS_sjabloonT2023_BV_vegetatiekaart.docx",
to = "150_geintegreerd_rapport/040_vegetatiekaart_magweg.Rmd",
dir_media = pad_figuren)

add_captions(from = "150_geintegreerd_rapport/040_vegetatiekaart_magweg.Rmd",
to = "150_geintegreerd_rapport/040_vegetatiekaart.Rmd")

unlink("150_geintegreerd_rapport/040_vegetatiekaart_magweg.Rmd")

Binary file added moneos_2024/050_hogere_planten/INBO.MONEOS_sjabloonT2023_BV_hogereplanten.docx
View file
Binary file not shown.
19 changes: 19 additions & 0 deletions moneos_2024/050_hogere_planten/word_naar_rmd.R
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,19 @@

library(protocolhelper)

source("../pad.R")

hoofdstuk <- "050_hogere_planten"
pad_data <- maak_pad(hoofdstuk, "data")
pad_figuren <- maak_pad(hoofdstuk, "figuren")
pad_tabellen <- maak_pad(hoofdstuk, "tabellen")

convert_docx_to_rmd(from = "050_hogere_planten/INBO.MONEOS_sjabloonT2023_BV_hogereplanten.docx",
to = "150_geintegreerd_rapport/050_hogere_planten_magweg.Rmd",
dir_media = pad_figuren)

add_captions(from = "150_geintegreerd_rapport/050_hogere_planten_magweg.Rmd",
to = "150_geintegreerd_rapport/050_hogere_planten.Rmd")

unlink("150_geintegreerd_rapport/050_hogere_planten_magweg.Rmd")

Loading

0 comments on commit f4e8c71

Please sign in to comment.