Circos应用

Circos是一款用PERL写就的强大的基因组分析的可视化工具，掌握其用法的重要性是不言而喻的。

Circos的安装

• 下载地址：http://circos.ca/software/download/circos/
• Circos是Perl写就的，不需要安装，只需要下载一些Perl的必需模块，设置一些环境变量即可

1. Circos的配置文件

首先，Circos的配置信息写在一个个独立的conf文件中，然后在--conf FILE中被FILE（通常为circos.conf）集中调用：

<<incldue /etc/colors.ucsc.conf>>
...

1.1 常用配置文件

• ideogram.conf：染色体配置文件；
• tick.conf：刻度配置文件
• circos.conf：整体调用的文件
• color.conf：颜色配置文件
• font.conf：字体配置文件

1.2 配置文件的一般写法

• <colors>red=255,0,0</colors>
• 参数形式：param=value，例如radius=0.9r
• 单位：有三种形式
  • p：pixel，像素，绝对单位
  • r：relative，相对，比如上面就是相对总的半径的0.90，标签<image>里面设置的radius即为r的大小，适合设置ideogram半径及其label位置
  • u：unit，染色体碱基数的单位，chromome_units=1Mbp